漕粮改折诏无法得到真正执行，表明清廷在政策上的摇摆和窘境。得以延续下来的江浙漕粮海运，正如风中之烛，在清末虽得到苟延残喘，但已风光不再。大规模缓征截留与清末政局动**的趋势不谋而合。这些都清楚地显示出，清代漕粮海运已经步入了它的最后岁月。
光绪二十九年（1903），江浙两省首次成功承运100万石，其余部分改折。清廷历来宣称，交本交折听民自便。如果折价定得过高，需要向朝廷交纳的就多。如果定得过低，百姓不交本色，官府就须自行出资采购。因此，确定折价对双方都是考验。由于江苏漕粮折价一直高于浙江，浙江巡抚聂缉槼奏称：江苏漕粮多收折色，以市价征之于民，以市价解之于上，无辗转折耗。浙漕名为本折兼收，实则本色多而折色少，且向系红白兼收，籼粳并纳，米色未能一律，不能与市价相提并论，故历年漕粮折价“苏多浙少”。
江苏粮道罗嘉杰因对招商局不满，私自与英方之太古洋行签订草约，英方以低价承包原来由沙船承运的六成漕粮。正在和中方讨论修约事宜的英国谈判大臣马凯也欲促成其事，只是盛宣怀极力反对，将合约作废，赔款了事。经过此番折腾，盛宣怀表示，愿意将招商局水脚自本年始，“每石核减银5分，实计每石例支运费7钱”。此年冬漕于三月二十一日在沪开运，至八月二十三日全数交仓兑运。按规定，仍奖励京、沪两地官员各25人，运行过程与以前大致相同。
另一方面，京城粮食供应不可能因为一纸改折诏，就突然变得容易起来。如果相应的市场机制不能建立，肯定无法期待产生良好的后果。果然，浙江道监御史瑞璐很快就上奏：“京师粮价昂贵，贫民粒食维艰，请由南省运米平粜，以代漕运。”以前南漕虽然数量有限，但仍充民食，故京城粮价不致甚昂。改折后市场上少几十万石粮食，闾阎购食维艰。袁世凯肯定这一主张，并表示南米来源愈少，“舍招商购运，别无良图”。他曾在二十八年春间奏准每年办运60万石，当时津海关道唐绍仪以及前通永道沈能虎，分别负责其事。不料两江总督魏光焘因南省米价未平，将沪镇米粮一律禁止出口。袁世凯重申：“畿辅为根本重地，浩劫遗黎，实藉南米为养命之源，岂能因噎废食！”再次奏请每年准运南米15万石。