清代漕运以漕运总督为核心，形成一套庞大的官制。对原有河漕官制的变革，最重要的当然是废除漕运总督。漕运总督在原有河运体制中的督促不力，很早就有人指出，可将漕标改归绿营，通仓仿海运之例，专派钦差大臣监收，帮费自然减少，浮收也会变轻。并认为，若能裁去一总漕，加派一钦差，其余悉照旧章，漕运还无起色，“民不稍苏，我不信也”。
漕运总督衙门（淮安）
江浙漕粮海运的推行和湖广等省河运漕粮的停止，使得在整个太平天国期间，漕运总督的主要精力变成了镇压起义。咸丰十一年（1861）十月，漕运总督吴棠在清江与太平军相遇，双方在河下开火，吴棠将太平军击退至板闸，割取首级37颗。次日回城巡查，行至八角楼，又见太平军四五百骑，步兵千余名，由北面往西南而走，他督队连开大炮，“轰毙马贼十数名，步贼数十名，始向北面而窜”。同治五年（1866），捻军张宗禹冒充清军偷渡运河，漕运总督邵燦亲自率众，在该处添设炮台，训练士兵，以资扼御，“是以该逆屡扑屡却，颇有斩获”。因为他在捻军纵横江北时，力筹防堵，“屡遏寇氛，地方赖以保全”，后又死于职守，结果得以进入江南名宦祠。漕运总督本有统军之职，但如此大规模地参与军事活动，却是绝无仅有的，并在事实上成为对漕运总督职责的一种改良。
漕运总督驻地的清江浦为运道所经，系南北咽喉，“最关紧要”，中日甲午战争时期，枪械皆集中于此。当时的漕运总督松椿人尚平正，办事亦颇谨慎，“惟以目下清江事势而论，似难必其胜任大局”。结果，山东巡抚李秉衡特意上疏弹劾，要求撤换。由此不难看出，一向以督运漕粮为己任的漕运总督，在晚清却多次承担起相应的军事重任。