清代前期对于漕粮的依赖程度与前代相比有过之而无不及。清朝是继元朝后入主中原的少数民族统治王朝，为了巩固其统治，定都北京以后，大约有10余万八旗将士被分别安置在京师各处，再加上满人贵族、官僚以及他们的家眷，还有八旗失职人员、鳏寡孤独这些人，各个都要吃饭、人人都要生存。每年大量的漕粮通过水路运达，为京师粮价的稳定奠定了坚实的基础。“国计之有漕运犹人之有血脉，血脉通则人身康，漕运通则国计足”。将漕运比喻成人体不可或缺的血液，足见漕粮对王朝和都城的重要性。
为保证漕运正常运转，清代制定了极其严格的规章制度。清代的漕运体制，对牵涉的各级官员及所有办事人员，均有详细的处罚奖惩条例和极为完备的办事规章。不过，因为制度性缺陷的存在，使得所有办漕之人均感极为困难，“人人以为大，人人以为难”。顺治十年（1653）规定：各省粮道经营漕粮，全完者加升一级，欠一分（征收量为全额的90%）者罚俸一年；如再运又挂欠一分者降一级调用，欠二分者降二级调用，欠三分者革职。收兑漕粮如夹有沙土，监兑官降一级调用，押运官革职。康熙五十一年（1712）重新规定：各省押运同知通判，一次无欠者加一级，二次无欠者加二级，三次无欠者，不论俸满即升；一次挂欠者降一级留任，二次挂欠者降二级留任，三次挂欠者降三级调用，仍将挂欠之米分赔。但事实上，清代除雍正、乾隆年间，社会安定，经济繁荣，可以办理全漕，其他绝大多数时间，全漕目标很难达到。既然办理漕务如此困难，处罚又如此严厉，这些办漕官员岂不是要经常遭受处罚么？当然，这既非规章制定者的本意，也决非实际运作的真实情形。通常的补救办法是“报灾”。此外官员还可以通过频繁的调动来逃避责任。康熙三十五年（1696）规定：各省漕项钱粮在十月开征，隔年三月奏销。因漕粮要两年后才奏销，“如及两年而州县离任他处者，则又可免处分”，结果导致各州县几无两年不调换的官缺。官员调动过于频繁，新任官员无法深谙漕务，漕书等人操纵漕粮之事，在所难免。