明清易代之际的政治势力异常复杂，有建立大顺政权的李自成、建立大西政权的张献忠、由关外而进的后金政权以及北京陷落后的南明政权，频繁的战事对漕粮的运输产生了毁灭性影响。不过，清朝一经定鼎北京后，便立即着手恢复重建漕运制度。
顺治二年（1645），兵部侍郎金之俊提议转运南漕：“西北粒食全取给于东南。自闯乱后，南粟不达京师，以至北地之米价日腾。今王师直取南京……需亟令总漕星驰淮上，巡漕御吏疾趋瓜扬，弹压地方，度理运务，俟金陵底定，酌留之余悉转太仓。”大致意思是，要求清廷立即从南方调运粮食到北京。清代的漕粮主体来自江苏的苏、松、常、镇、太和浙江的杭、嘉、湖地区。清代继承了明代由苏州、松江、常州、嘉兴和湖州5府供纳白粮的政策，所不同的是自顺治二年起，白粮由民运变为“官收官解”（后来变为随漕带运）的军运。漕粮平安运抵京师，只是完成了整个漕运过程的一半，接下来更重要的问题是将这些漕粮放置在那些既能较好地保存粮食，又能方便支取以备不时之需的地方。清初在京师地区出现了禄米、南新、旧太、富新、兴平、海运、北新、太平八个仓，康熙四十五年建本裕仓。雍正六年建储济仓，七年建丰益仓。乾隆二十六年建掌分管京仓的恩丰仓。通州的中、西二仓，则延续了明制。
清代的漕运基本延续明制，但又有下列名目：正兑米，运京仓粮，定额330万石；改兑米，运通仓粮，定额70万石；改征，将漕粮改征为其他品种；折征，将漕粮折算成银，价银统归地丁项内，上报户部。此外又实行截漕（各地漕粮起运后，地方遇灾，截留部分作为赈济，或运往外地）和拨运（主要指截留山东、河南所运蓟州漕粮，拨充陵寝及驻防兵米）等措施。漕船数与编制也与明代稍异，一般以府、州为单位，10人一船，10船一帮，每10船互保，总数则由11775只降为10455只（实际上用于漕运的仅有六七千只），每只出运漕船装运量不超过500石，另可装土产往返各口岸行销，称为“土宜”。