元朝是中国古代漕粮海运的鼎盛时期，不论是在运输路线、组织管理，还是运输数量上，元朝的漕粮海运都是前代所不能比拟的，用“元时武功超轶前代，而海运之盛，亦亘古未有”来形容可谓贴切。
伯颜像
元朝统一全国后，每年从江南运送大批粮食至大都。最初依靠河运，但运河年久失修，中滦到淇门一段需旱站转运，劳民伤财。至元十三年（1276），伯颜攻下临安（今杭州），取南宋库藏图籍，因两淮地区尚被宋军把守，特招海盗头目朱清、张瑄等人，从崇明由海路运抵京师。考虑到河运漕粮“劳费不赀，卒无成效”，于是在十九年，伯颜造平底海船进行漕粮海运，未曾想风信失时，漕粮迟至第二年始抵直沽，此时朝廷还未能体会到海运的便利。但此次海路运粮成为元代漕粮海运之始。
元代海运最高管理机构是中书省，其“左司”下辖“粮房六科”中的“海运科”为具体办事机构，经过一段时间的调整，元代漕粮海运体制大致确定，主要由分处南北的两大系统承办。南方为“承运”系统，至元二十年，元朝设立2个万户府，以朱清为万户，张瑄为千户，忙兀为万户府达鲁花赤，驻平江（今苏州）。万户府下5个海运千户所，分设于温州路、台州路（浙江临海）、庆元路（宁波）、绍兴路、杭州路和嘉兴路。另在平江路（苏州）设有“海运香莎糯米千户所”，专门运送上等白米。千户所各设达鲁花赤1人、千户2人，其下设副千户3人及众多属官。北方设有“都漕运使司”（驻直沽河西务）和“京畿都漕运使司”（驻大都），前者主要负责接纳海运漕粮，兼及其他各路南来物资，下辖新运粮提举司、通惠河运粮千户所和京师22仓；后者主管从直沽向通州转运海运物资，官职设置大体相同。