莫扎特没有用连续的数字来标明他的作品，一直到1862年，德国人科凯尔在对莫扎特的全部作品作了仔细的分析研究之后，才为它们按时间顺序编了号，通常用“K”或“K?chel”来表示。根据这个方法，目前确认可信的莫扎特作品由K.1的钢琴小步舞曲（1762）到K.626的《安魂曲》（1791），共计600余部。
在器乐创作领域，莫扎特和海顿的旋律风格存在着一定的差异，如果单纯考虑器乐形式的发展，那么海顿的影响相对比较深远。器乐和声技巧对于海顿创作奏鸣曲至关重要，然而莫扎特对此没有什么兴趣。海顿的音乐旋律往往具有一种鲜明的主题风格，动机的处理比较灵活。莫扎特则具有一种歌曲创作的天赋，他把过去时代伟大声乐艺术中的抒情性编进他精美的器乐形式中，正像瓦格纳所说：“是莫扎特教会了乐器的歌唱。”
莫扎特的交响乐作品，包括近50首交响曲、近30首钢琴协奏曲、5首小提琴协奏曲、其他乐器协奏曲近10首以及大量的小夜曲、嬉游曲、进行曲、组曲等。
莫扎特的交响曲列入作品编号的是41首，最早一首作于1764年，最后一首完成于1788年，其中有超过30首交响曲完成于18岁之前，除了乐思发乎自然，曲调乐天流畅之外，倒并没有胜出海顿多少。然而，当莫扎特在人生的最后10年定居维也纳之后，他却石破天惊地创作出最后6首堪称不朽的交响曲，它们分别是D大调第35“哈夫纳”、C大调第36“林茨”、D大调第38“布拉格”、降E大调第39、G小调第40、C大调第41“朱庇特”。
莫扎特在萨尔茨堡谷物巷的出生故居
“哈夫纳”交响曲的前身是一首“小夜曲”，系应萨尔茨堡市长齐格蒙德·哈夫纳之邀，为他的儿子在获颁爵位典礼而作。6年前，莫扎特曾为哈夫纳的女儿伊丽莎白出嫁谱写一首小夜曲，亦名为“哈夫纳”，如今他把第二个“哈夫纳”稍加改编，从6个乐章删减为4个乐章，配器上增加了单簧管和长笛，以使原本欢畅灵动的乐曲内容变得更加厚实，华丽感有增无减。在第四乐章的总谱上，莫扎特特别标出“尽可能快速演奏”字样，以使这个急板写成的段落听起来更如快马疾驰，一气呵成。由于此时莫扎特正在创作歌剧《后宫诱逃》，故听众甚至可以听到剧中奥斯明所唱的抒情曲调。