从1903年到1907年，除中西交汇之学外，刘师培具时代关怀意味的“预流”学问主要是中国学术史研究。实则二者密不可分，刘氏常运用西学以评估中国古典学术得失，前文已涉及于此。这里将学术史作为论题单列出来，是从独立视角考察它，其中也会再度涉及与西学的关系问题，但因已转换主题，故别有意味，非简单重复。
刘师培的学术史著作涉猎甚广，从先秦迄于清代，皆有所述，但最重要的是其对清代学术的讨论。这一讨论特色鲜明，值得单列出来，故本节所论不及于清代。
一、学术史通论
从1903年一登上学术舞台，刘师培便有与学术史相关的论著发表，直到1907年始终未辍。有学者鉴于其学术史研究著作大都以刘光汉之名揭载于《国粹学报》，遂据“刘光汉”与《国粹学报》两因素，将他这方面工作分为三期：第一期，1903年至1904年，为前《国粹学报》之光汉时期，该时期尚无学术史研究的专著，除单篇文章外，在宣扬政治思想的专著中，颇多对学术史的见解；第二期，1905年至1906年，为《国粹学报》之光汉时期，他有关学术史研究的专著都在《国粹学报》上连载，在社会上引起巨大反响；第三期，1907年，为《国粹学报》之师培时期，学术史研究论著突然减少，没有专著，仅有论文，文章的署名改为刘师培。“从此往后，他对学术史的研究基本终结。”[1]这一分期，大体适当，不过1908年以后他仍有涉及学术史问题的零星议论，只是未形成系统的文字。
刘师培直涉学术史或与学术史相关的论著（如某些政论中有学术史内容）颇多，若以年系之，则有下列：1903年，《中国民约精义》；1904年，《攘书》、《泰州学派开创家王心斋先生学术》、《新史篇》、《中国思想大家陆子静先生学说》、《西汉大儒董仲舒先生学术》、《近儒学案序》、《习斋学案序》、《幽蓟颜门学案序》、《并青雍豫颜门学案序》；1905年，《国学发微》、《周末学术史序》、《论文杂记》、《古学出于史官论》、《文章原始》、《南北学派不同论》、《古政原始论》、《东原学案序》、《汉宋学术异同论》、《古学起原论》、《扬州前哲画像记》、《孙兰传》、《两汉学术发微论》、《王艮传》、《全祖望传》、《颜李二先生传》；1906年，《戴震传》、《王门巨子泰州学派大家王心斋先生传》、《古学出于官守论》、《戴望传》、《刘永澄传》、《中国哲学起原考》、《朱泽沄传》、《补古学出于史官论》、《汪绂传》、《徐石麒传》、《汉代古文学辨诬》、《经学教科书》、《中国历史教科书》；1907年，《王学释疑》、《近儒学术统系论》、《儒学法学分歧论》、《清儒得失论》、《近代汉学变迁论》、《论古今学风变迁与政俗之关系》、《崔述传》、《蔡廷治传》；等等。这些论著如按内容分类，大体可分为通论、论先秦学术、论两汉学术及汉宋学术流变、论清代学术四类，当然其中也包含这四类论题之外的内容，但以这四类最为集中，是为重点。