清末，包括刘师培在内的国粹派学人和其他学者在探讨中国学术发展史时，关注的重点是清代学术。这是很自然的事情。因为对他们而言，清学不仅属“本朝”史的范围，与现实息息相关，而且更重要的是，这一代学者是在清学的滋养下成长起来的，无论每个人成长后的发展方向如何，都离不开清学这一丰厚的土壤。
在刘师培的学术史著述中，论清代学术的篇幅最多，也最分散。检视之下，大体可分为三类：通论性著述、学案体著述、传记类著述。三者在内容上有重复之处，但基本各有特色。
一、通论性著述
刘师培通论清代学术之由来、变迁以及流派衍化的著作以《近儒学术统系论》、《清儒得失论》、《近代汉学变迁论》为代表，另外在《国学发微》、《南北学派不同论》等著作中也有这方面的论述。
清代学术以考据学为核心，不少人相信这是学术界厌倦宋明理学之空谈而转向经史考证的结果。经史考证以考经为主，是接续汉代经学而来，故考据学亦被称之为汉学。刘师培总结清代学术就是从对这类问题的论述入手的，因这关涉到清学来源和界定等清代学术史上的根本问题。一方面，刘氏不太赞成宋明学术全为空疏的看法，更强调考据学与宋明学术的历史连续性。他曾说过：
宋元以降，士学空疏，其寻究古义者，宋有王伯厚，明有杨慎修、焦弱侯。伯厚博极群书，掇拾丛残，实为清学之鼻祖。[1]
明人之学，近人多议其空疏……钱大昕曰：“自宋以经义取士，守一先生之说，而空疏不学者皆得名为经师，至明季而极矣。”又曰：“儒林之名，徒为空疏藏拙之地。”阮芸台曰：“终明之世，学案百出，而经训家法，寂然无闻。”江郑堂曰：“明人讲学，袭语录之糟粕，不以六经为根抵，束书不观（此语出于黄黎洲）。”此皆近人贬斥明人学术之词。然由今观之，殆未尽然。[2]