国粹派的中西文化观，以1904年提出“国学”论为标志，发生了根本性的转折。在此之前，国粹派一般都热衷于从生物进化的观点评说中西文化，强调中国文化落后于西方乃是进化程度上的滞后，因而是整体的、根本性的。邓实分人类文明进化为三期：“一统时代”、“小通时代”、“大通时代。”他认为，“宇宙进化循天演之大圈日进而未已”，西方文明已是由第二期向第三期过渡，而中国不过“方出第一期之一统时代”[1]而已。黄节也说，中国文化进化程度不及西方，“其阶级相悬”甚远[2]。但是，在此之后，却一改初衷。《国粹学报叙》指出：在近代中国屡经竭蹶之后，国人“则还而质诸吾国何以无学，吾学何以不国，而吾之国之学，何以逊于泰西之国之学”，而多数人竟然“懵然而皆莫能言”，是为足以亡国的“人心之死”的悲哀[3]。提出中国何以无“学”，或有“学”何以不如西方的问题，所以本身就是一种悲哀，是因为它说明人们不懂得“无用者君学，而非国学”的道理，即现实的中国文化的衰堕，不是“国学”发展的结果，恰恰是其隐耀不明所致。“国学”未尝用，固不能说无用；同样，“国学”既未得发舒，又如何能说它一定逊于西方？在国粹派看来，笼统判定中国文化不如西方文化是不可取的。所以，毫不奇怪，由是他们放弃了先前从进化迟速的角度看问题，转而主张采取分析的态度，重新审视中西文化及其关系。
国粹派在其时引起轩然大波的两个重大问题，即在关于是否应废弃中国语言文字和中医学问题上的见解，就集中反映了这一点：
20世纪初年，一些“醉心欧化”者借口中国文字艰深，“不适于用”，倡言废弃汉文汉语，其中以创刊于巴黎的中国无政府主义者刊物《新世纪》为最激烈。1908年春，该刊连续发表了吴稚晖、笃信子等人的文章，主张“直截了当”废弃中国文字，改用“万国新语”即世界语，一时产生了颇大的影响。笃信子说，中国充其量“略有野蛮之符号”，谈不上有文字。“弃吾中国之野蛮文字，改习万国之语之尤较良文字，直如脱败絮而服轻裘。”苏格兰也认为，“守古为支那第一病原，汉文为最大多数支那人最笃信保守之物”，所以救亡第一要策，当在“废除汉文”。吴稚晖完全赞同上述二人的观点。他强调，中国文字不过是祖宗遗留的“糟粕”，是代表“旧种性”障碍国民进化和“制造野蛮”的渊薮。因此，它不能适应现代文明社会的需要，必归于淘汰[4]。吴稚晖等人介绍世界语固然不错，但他们诋毁和主张取消中国文字，显然表现了极端的民族虚无主义，它开了新文化运动时期少数人废汉字宣传的先河。