耐人寻味的是，国粹派“夷六艺于古史”所体现的经学思想的转换，又是通过20世纪初年激烈的今古文争而获彰显的。
但是，主张君主立宪的康有为等人高揭今文经的大旗，而主张排满革命的国粹派则高揭古文经的大旗，这绝非偶然。它说明，其时国粹派倡大古文经及其与康有为今文经学派的对立，不能单纯归结为传统的学术上的分歧，而应当看到其更深刻的动因，却是植根于现实的革命派与立宪派间尖锐的政治斗争。
众所周知，今古文争是历史上的一桩公案，但20世纪初年，康有为、廖平、皮锡瑞等人与国粹派间的今古文对立，与戊戌前相较，已不可同日而语。古文经学在几千年的封建社会中，长久踞主导地位。它原服务于封建统治，不言自明。清代今文经学派重新崛起，借助今文经长于风议的特点，宣传变异与经世思想，为经学带来了新生机。尤其是康有为高揭“孔子改制”的大旗，以公羊“三世”说附会西学新知，推进戊戌维新运动，更使今文经学的正面的社会效应得到了充分的展布。但是，随着戊戌维新迅速失败，今文经学社会效应的正负面价值，此消彼长，开始发生逆转。特别是康有为固守“孔子改制”说，其消极的负面价值，更日益显露出来。这表现有二：一是发展了公羊家的神秘主义，尊孔子为百代教主，主张日趋荒诞，窒息了思想活力。这一点甚至连其弟子梁启超及黄遵宪都不愿苟同；[1]二是自1902年后，公羊“三世”说实已被康作了重新诠释。他说，《春秋》分据乱、升平、太平之世，即君主专制、立宪、民主之法，“必当一一循序行之，若紊其序，则必大乱”[2]。中国正处于由据乱向升平过渡之时，民主绝不可行。不仅如此，他还强调：“中国之治教，遂以据乱终，渔流断港，无由入于升平太平之域”[3]。由于升平、太平之世被判定不可企及，中国不出据乱世，所以康专讲“拨乱”，即加强乱世君权的重要性。[4]要言之，随着康有为由一个“拉车子前进”的改革者，退化为“拉车屁股后退”的保皇派，其原先力图“推陈出新”的今文经学和“孔子改制”说，实蜕化成了自己政治上坚持君主立宪和反对革命的工具了。其时许多革命党人也已经指出了这一点。例如，无俚在《孔子非满洲之护符》[5]一文中就指出，康有为诸人无非借公羊说“以为胡虏藏身之固”。他说：“虏廷以革命风潮起于新学，遂尊孔子为上祀，冀以君臣之义钳制之”，而康有为诸人“亦附会春王正月之文，以阿虏廷所好，不悟革命二字即出于孔子易传，而尊周攘夷，春秋并著其义，周王可尊，未闻虏王之可尊也”。只是他们缺乏经学的功力，无法与康有为诸人同时在学术领域争鸣驳难而已。