文集版本的确定，是元人文集选择之后的第三步工作。《全元文》注意选取那些刊板流传较早，能够较完整地保存作者文章原貌的版本，同时也重视收存抄录、校勘精良的善本。当然，由于客观条件的限制，有时也不能尽如人意。
一、始刊本与早期刻本
《全元文》注重利用元人文集的早期刻本，在182位作者的203种文集中，《全元文》采录元刊本8种，元刊明修本2种，明刊本32种，明刊清修本2种，合计44种。这些版本对于《全元文》的意义，不在于其年代久远，有很高的文物价值，而在于其刊板时间与作者写作的时代较为接近，能够较好地保存作品的原貌。其中国家图书馆藏元延祐六年（1319）李怀素刊本《知常先生云山集》，是《全元文》存录的刊板年代最早的元人文集，至今已有近七百年历史。原书5卷，诗3卷文2卷，今存本已残，仅存卷3至5，所幸残佚部分恰是诗集，文集部分尚保存完整，《全元文》即据之收录蒙古国时期全真道士姬志真的文章。
在《全元文》采录的元刊本中，大部分是作者文集的始刊本。如元前期名臣刘敏中，“以文学受简知，致身通显，朝廷典册，钜公铭诔，所著为多”。[1]刘氏卒后，诗文集藏于家中，学者不可得见。元统二年（1334），其婿魏谊将刘敏中集刊板传世，嘱韩性为之序。此为敏中集的始刊本，上距延祐六年（1319）刘氏辞世，不过十五年。《全元文》即据国家图书馆藏来自台湾的元元统二年刊本《中庵先生刘文简公文集》25卷的缩微胶片，收录刘敏中的文章，避免了使用《四库全书》辑佚本或清抄本可能出现的传抄错误。又如元代名僧释大，传世文章多至340余篇。其诗文集《蒲室集》15卷、附《书问》1卷、《疏》1卷、《笑隐和尚语录》1卷，为大生前所编刊，后至元四年（1338）虞集作序。《全元文》收录释大文集，也是以始刊的元后至元本为底本，很好地保存了大作品的原貌。又如色目名臣马祖常（1279～1338），中延祐二年元朝首科进士，握手历清华，践任台阁，诗文温厚典则，有汉唐之风。祖常卒于后至元四年，门生苏天爵编其诗文为《石田先生文集》十五卷，后至元五年刊刻于扬州儒学。《全元文》即据此始刊本收录马祖常之文集。此外，《全元文》用为底本的元至顺元年（1330）宗文堂刊本《静修先生文集》，元刊本《村西集》与《西翁近稿》，也都是刘因、谭景星文集的始刊本。