综合考察作者文集的多种情况，选取其最具代表性的文集作为《全元文》的收录对象，这是在元代文集作者确定之后的第二步工作。元朝距今已有六七百年，在漫长的流传过程中，很多作者的文集经过反复编订，从而留下多种文集传世。尤其是那些影响重大的历史人物，如许衡、刘因、吴澄等儒学大师，赵孟頫、虞集、黄溍、杨维桢等文章钜公，传世文集都有多种。这些文集不仅编订时间有先后，编卷形式有不同，而且收录的范围和内容也往往各有差异。还有一些作者的文集在流传中已有部分或全部散佚，经过后人的辑录、整理或重新编次，文集情况亦颇混乱。在纷繁复杂的多种文集中，选取作者的哪一部文集作为《全元文》的收录底本，是一个必须非常慎重的问题。
一、择取全本文集
根据力求其全的编纂原则，《全元文》首先选取那些刊载文章最多最全的文集进行收录，以保证将作者的传世文章尽可能完整地收入《全元文》。比如元前期名臣刘敏中（1243～1318），字端甫，号中庵，济南章丘（山东章丘）人。至元中，任监察御史，曾弹劾权臣桑哥。成宗、武宗朝，多次上书言事，官至翰林学士承旨。《元史·刘敏中传》载其著有《中庵集》25卷。清乾隆中修《四库全书》，未能征集到其书，四库馆臣根据《文渊阁书目》、梁维枢《内阁书目》、叶盛《箓竹堂书目》、黄虞稷《千顷堂书目》的著录情况，认为刘敏中集已经散佚，遂从《永乐大典》中辑录其诗文，以类编次为《中庵集》20卷，其中文章仅142篇。[1]其实，刘敏中文集并未佚失，国家图书馆今存元元统二年刊本《中庵先生刘文简公文集》25卷的缩微胶卷，国家与上海图书馆还藏有清抄本各一部。因此，《全元文》选取元刊本《刘文简公文集》作为底本，收录刘敏中文章219篇，补以集外文15篇，而未采用四库馆臣辑录的20卷本《中庵集》，保证了刘敏中文集的完整收录。[2]