雅典是在公元前404年战败投降的，但修昔底德却没有实现自己记载整个战争的目标。他的著作突然终止于公元前411年，连最后一句也是不完整的。但他本人肯定活到了战争结束，并且返回了故土，因为他在书中不只一处表明了这一点。前面提到他说自己被放逐了20年，如果自公元前423年算起，到伯罗奔尼撒战争结束，正好20年。他还在书中提到铁米斯托克里在希波战争期间修造的雅典城墙的内部结构，特别指出“就是现在我们还能够看得出，这个建筑是仓猝筑成的”。[188]这说明修昔底德目睹了战败后被拆毁的城墙残骸，也说明修昔底德并没有看到公元前393年的雅典东山再起、雅典将军科浓在原城墙基础上重筑的新墙。他在第5卷第3章中的自述更是他目睹了整个战争的确凿证据。他说：
这一个时期的历史也是原来写历史的那个雅典人修昔底德所著的，他是按事实发展程序，以夏冬相递嬗的编年体撰写，将这段历史一直写到斯巴达人和他们的同盟者把雅典帝国毁灭，把长城和庇里犹斯占领时为止。那时战事已经延续了27年。[189]
这段话表明修昔底德的《伯罗奔尼撒战争史》在写到第八卷之前，多半出现过一段时间的中断，然后在作者再次动笔的时候，便感到需要重新加一个简短的前言式的说明。这段话也表明他原计划的篇幅远比现在的《伯罗奔尼撒战争史》要长。第8卷的突然终止表明修昔底德可能猝死于公元前403或402年至公元前393年之间，同时也表明他直到去世，一直笔耕不辍。因此，从写作时间的长度看，如果以公元前431年作为开端，这部著作同战争进行的时间同步，断断续续至少写了27年。
修昔底德是一位既有闲暇和敏锐的历史感，又长于思考、善于文字表达的贵族文人，因此他如果简单地写这样一部著作，并不需要27年的漫长时间。但实际的情况却是他27年磨一剑，产出的仅是一部未完成的著作，由此可见他对这部书所下功夫之大，思考之深。他的著作之所以结构谨严，脉络清晰，内容和谐一体，在朴素和隽永中洋溢着深沉的历史和人生哲学的意味，时间和精力上的大量投入应当是最重要的原因之一。