从时间上看，毕达哥拉斯学派最早产生在公元前6世纪的意大利，其创始人是萨摩斯岛的毕达哥拉斯（约公元前571—约前497年），从时间上看，正处于米利都学派和赫拉克利特之间。虽然受到过米利都学派的影响，但从一开始就表现出一些与爱奥尼亚传统不同的特色。与米利都学派不同，毕达哥拉斯盟会首先是一个宗教团体，信奉灵魂不朽、轮回转世的学说，恪守一套严格而古怪的教规。在哲学上，毕达哥拉斯学派提出将抽象的“数”作为万物的本原，认为世界万物的存在都可以由一定的数量关系而得到根本性的解释。这样一种不可感知、没有形体、不能运动的“数”比米利都学派提出的水、气等元素更具有本质的特征。如果说米利都学派所说的本原本身是运动变化的，只不过它们都来源于并回归于某种不变的元素，那么毕达哥拉斯学派提出的作为世界本原的“数”从本身来讲就是不变的，成为一种可以与一般的具体事物相分离并且高于一般事物的独立的存在，这一从有形向无形、从物质向精神（思维）、由运动变化中的不变到静止的不变的转化代表了不同于爱奥尼亚哲学传统的一个新的发展方向，启发了后来的爱利亚学派和柏拉图哲学，从而向希腊哲学中不变的“本体”概念又迈进了一大步。黑格尔对毕达哥拉斯学派在希腊哲学史上的这种承上启下的作用作出了精辟的阐述：
我们在将宇宙解释为数的尝试里，发现了到形而上学的第一步。毕达哥拉斯在哲学史上，人人都知道，站在伊奥尼亚哲学家和爱利亚学派哲学家之间。前者，有如亚里士多德所指出的，仍然停留在认事物的本质为物质的学说里，而后者，特别是巴曼尼得斯，则已进展到以“存在”为“形式”的纯思阶段，所以正是毕达哥拉斯哲学的原则，在感官事物与超感官事物之间，仿佛构成一座桥梁。[195]