企业制度是企业赖以存在的体制基础，是企业及其内部构成机构的行为准则，是包括经营管理层在内的企业所有员工的行为规范，是企业高效发展的活力源泉，是企业有序化运行的体制框架，是企业高效率从事经营活动的体制保障。因而企业自主创新能力的形成，往往首先来自于企业制度的创新。因此，企业改革的首要内容是企业制度的改革。在我国三十年的企业改革中，企业制度改革主要涉及下述内容。
第一，企业产权制度。企业产权制度包括五大要点，因而企业产权制度改革也主要集中在这五个要点上。一是产权清晰，产权清晰既包括产权在法律上的清晰，也包括产权在经营过程中的清晰，是两种清晰的统一。因此，对于产权在法律上清晰而经营过程中不清晰的国有企业来讲，产权改革的重点在于实现产权在经营过程中的清晰；而对于产权在经营过程中清晰而法律上不清晰的非公有经济企业来讲，产权改革的重点则在于实现法律上的清晰。二是产权结构多元化，即把出资者只有一个的一元化产权结构，转变成出资者有好多个的多元化产权结构，形成包括各类经济成分在内的企业形态的混合经济体制，从而消除国有企业的行政性干预和非公有经济企业的家族血缘关系干预，使产权制度成为能充分发挥各种出资者比较优势的开放性产权制度。三是产权顺畅流动，使产权制度能够适应企业的生产性经营和资本性经营的需要，实现快速的交易和重组，这就要求我们必须完善作为产权流动基础的资本市场，完善产权的定价机制，完善产权交易的法律界定，从而有效提高产权流动的交易效率。四是产权组织方式合理化，也就是使企业内部的各类产权能够以最有效的组织方式组合起来，并形成强大的合力。因为现代企业内部的各类产权的最有效组织方式是公司制，既包括有限责任公司，也包括股份公司，所以企业组织方式的合理化就是要彻底改革工厂制而形成公司制，实现公司化股份制改革，形成包括有限责任公司和股份公司在内的现代公司体制。五是产权权责明确，也就是要处理和界定好人权体系、产权体系、国家权力体系这三大类人类社会的权力体系的相互关系，防止人权体系和国家权力体系对产权体系形成不应有的干预和侵蚀，尤其是要防止国家权力体系对产权体系形成各种行政性干预，因而必须重点处理好企业与政府的相互关系，杜绝政府对企业的任何行政干预，确保产权的权责利的有效实现和相互统一。