回疆已服属于准噶尔，准部既平，似已一并收功，不用再举，高宗初志本然。乾隆二十年正月，甫动讨准之兵，二月即传谕西路参赞鄂容安：“汉时西陲，塞地极广，乌鲁木齐及回子诸部落皆曾屯戍，有为内属者，唐初都护开府，扩地及西北边。今遗地久湮，此次进兵，凡准噶尔所属之地，回子部落内，伊所知有与汉唐史传相合可援据者，并汉唐所未至处，一一询之土人，细为记载，遇便奏闻，以资采辑。”此谕见《东华录》，可见成功者自有意识，而事实正不如是之易也。数月内果平伊犁，而回部和卓木甫脱准部之羁绊，而准部则又有阿睦尔撒纳之变，回部因有大、小和卓木之生心，鄂容安亦死于变中，回疆乃终用武力取之矣。
回疆在汉唐时，早为西域城郭之国，唐以前佛教流行，其变为伊斯兰教，世系有不能详。而《圣武记》特凿凿言之，虽未知其所根据，然与他官书多未尽合，则亦不敢尽信也。
《圣武记》：“隋、唐之际，其国王天方国。谟罕蓦德者，生而神灵，尽臣服西域诸国，始扫佛教，自立教，造经三十篇，敬天礼拜，持斋戒，葱岭以西，皆尊曰天使。回回语称天使为别诸拔尔，亦曰派罕巴尔。传二十有六世，曰玛墨特者，当明之末年，与其兄弟分适各国，始自墨德逾葱岭，东迁喀什噶尔，是为新疆有回酋之始，即霍集占兄弟等之高祖也。其回部旧汗，本元太祖次子哈萨岱之裔，世封回部。及玛墨特自西方至，各回城靡然从之。旋值厄鲁特强盛，尽执元裔诸汗，迁居天山以北。回部及哈萨克皆为其属。哈萨克行国仅纳马，而回部各城则分隶诸昂吉，准部昂吉二十一。昂吉者，分支也，乃台吉所有之户下。征租税，应徭役，并质回教酋于伊犁。康熙三十五年，噶尔丹败后，其质伊犁之回酋阿布都实特自拔来投，圣祖优恤之，遣人护至哈密，归诸叶尔羌，是为霍集占兄弟之祖。至其子玛罕木特，噶尔丹策零复袭执而幽之，并羁其二子，使率回民数千，垦地输赋，长曰布那敦亦曰博罗尼都，次曰霍集占，即所谓大、小和卓木也。”篇末又著论，略曰：“考霍集占高祖玛墨特之初迁喀城也，当明之末季，距其始祖派罕巴尔已千余年。徒以来自天方，回人神明奉之，生即所居为寺，没即所墓为祠。其时回疆各城，尚皆有汗，皆元太祖之裔，非回国裔也。顺治初，哈密有巴拜汗，叶尔羌有阿布都汗，吐鲁番有苏勒檀汗，皆以叶尔羌酋为太宗。每表贡皆叶尔羌汗署名。康熙二十五年，贡表称臣成吉思汗裔，承苏赉满汗业，其时尚未为回酋所有。逮准噶尔强盛，攻破回子千余城，自后无复表贡。而乾隆二十年，大军**平准部时，惟有吐鲁番旧头目莽苏来降，此外无蒙古遗种。吐鲁旧头目亦已迁居喀喇沙，失其故土久矣。然则回城各蒙古酋汗，盖康熙中准夷灭之，非回教逐之。准夷既灭，元裔各汗，并执回教之长归伊犁。是则霍集占祖宗，并未占有回疆，享一日之威福，且派罕巴尔子孙，分适各国，喀城和卓，特其一支，非其嫡裔太宗也。彼大、小和卓兄弟，又非有功德于回民也。王师出之拘幽，反之旧部，饥附饱扬，报德以怨。”