回乱乘太平军事而起，然不与太平相应合。有宗教之隔阂，有种族与地域之限制，故无迎附太平之意，亦不遽逐鹿于中原。中原方急，清廷可置为缓图，惟养乱久，故戡定较费力耳。回事分三部分：（一）陕、甘，（二）新疆，（三）云南。陕、甘、云南，皆自古为回族入居之地，而声势又不相联络；新疆则域外之回部酋长乘虚来袭，而南疆回部从之，北疆亦为所荐食，俄罗斯又从而生心，此回乱纠纷之派别也。未乱之前，甘、陕、云南汉回仇杀之案，相续不绝。人数则汉少于回。回有宗教之团结，汉又较分散无力。平时受制于官法，尚时时酿乱。太平军时，兵饷皆绌而官力微，又往往招募回丁助战，益借寇兵而长其焰，此回乱之因也。
回变多在甘肃，而陕西之回众声势，其时有巡抚毕沅一疏，因查禁新教苛扰激变而言，可借见陕、甘回民之状。疏言：“陕属回民，较他省为多，而西安及所属之长安、渭南、临潼、高陵、咸阳，及同州府属之大荔、华州，汉中府属之南郑等州县，回民聚堡而居，户口更为稠密。西安省城，回民不下数千家，城中礼拜寺七座，其最大者系唐时建立，各寺俱有传经掌教之人，称为阿洪（或作“阿浑”），不相统属。从前长安回民械斗案件颇多，究因地方有司管教不善所致：非存心姑息，遇事宽纵；即因其回民，有意从严，遂致私图报复，互相仇杀。此后如实有随同新教，或别立邪教，即当严绝根株。倘不过寻常念经礼拜，即不必另立科条，致滋扰累。”疏入，谕各省行之。自此内地回族安堵。咸丰末，河南巡抚严澍森遣募荔、渭、泾阳回勇六百，赴汴防守，颇资其力。未几，澍森调湖北，遣撤回勇。回勇诣陕省团绅投效，时在同治元年。太平军陈得才合捻众入武关，窥省城，省防标兵多远征，巡抚瑛棨飞章乞援，官文、曾国藩商遣多隆阿或舒保援陕，道远弗能至，民团战败，回勇亦散归，经华阴小张村，伐民家竹为矛，主家噪逐，格斗毙回人二，余逃入回居之秦家村，纠众复仇。会太平军阻渭不得渡，仍出潼关入豫境，而回乱则已酝酿甚炽，汉民亦起相抗，焚杀相踵，村镇往往为墟，诏瑛棨谕解，而由团练大臣张芾亲往，遂被戕于回，由是困城戕官，杀屠万计。同州、西安回焰既炽，凤翔回亦杀汉民与相应。甘肃回皆蠢动。时川、滇土匪，及太平军与捻众，出入奔窜，多隆阿已入陕，又追剿东还，诏胜保督陕西军，以雷正绾副之。二年二月，甘回陷固原，宁夏、河州、狄道、平罗、灵州皆反侧。旋又围攻平凉。多隆阿既逐贼出陕，仍返剿回。自二月至四月，连战皆捷。八月，甘回陷平凉，复攻泾州。诏趣多隆阿西援凤翔、平凉。九月，解凤翔围，凤翔被围已十四月。将进剿甘回，而于十月滇匪蓝大顺窜陷盩厔，多隆阿移师困之。盩厔城小而固，大顺百计守御，久不能拔。而陕回慑多隆阿军威，渐西趋。宁夏又有汉回互斗之事起，兵备道侯登云练民备之。将军庆瑞主抚，奏劾登云，勒汉团缴械，回遂夜袭陷宁夏城，登云被害，汉民屠戮无遗。满城隔数里，庆瑞佯为弗闻。次日，灵州回起陷州城，而马化隆本据金债堡，设碉卡，纳亡命，反侧鸱张。宁夏既陷，其酋赫姓，使使迎入城，群回跪道左，咸听命焉。化隆自其父马二与穆大阿浑善，穆大阿浑习新教，临死，以所服白帽红衣授化隆，属徒众归其管束。大阿浑之孙穆三、穆四、穆五，均为新教阿浑，自京师、天津及黑龙江，吉林之宽城子，山西之包头，湖北之汉口，均有新教徒党，潜匿勾引。化隆又自托神灵，妄言祸福，群回倾信之。化隆既起，遂足以号令甘回，厚集其毒矣，时陕回已渐肃清，多隆阿兵若不顿，甘回可以被慑不动。既为由滇入川之蓝匪所掣，而旗员之为将军于宁夏者又助成之，是为陕、甘、回乱尽发之日。