俄乘乱据伊犁，由其驻使以代收来告，事在同治十年五月。并告将收乌鲁木齐，其地有结团自保之汉民徐学功等，非纯在乱回手，故不得逞而退。伊犁已为俄据七八年，而后回疆平，而后索返之事起。盖据伊犁在金积堡下后，宁夏始告肃清之日。光绪元年五月，俄兵官索思诺福斯齐等五人，奉命来华，取道甘肃出关归国，至兰州，谒宗棠于节署。是年正月，英翻译官马嘉理在滇为腾越官军所戕，英使威妥玛扬言英将调印度兵由缅甸入滇，结俄兵由伊犁进，以牵制西师。既而有俄使过陇之事，廷议皆疑其受威妥玛指，来观我虚实，告宗棠毋示以瑕。宗棠复总署董尚书怐书，略谓：“我复旧疆，与英无涉。英欲越缅甸开市滇边，以销鸦片，非各国共有之利，必不甘附和。由缅至滇，非用兵地，以主制客，不为利诱，地险心固，足捍吾圉。此时即与显起衅端，亦不可专以柔道牵之。至俄使奉命来在上年，何知有马嘉理事？何从受其指使？至则坦怀示之。陇祸已十数年，无可掩覆。”至是，果至，宗棠引居节署，间日一会食，询以外传与英有约之事。俄使言：“英人叵测，俄与中国从无衅端，国主意与中国永敦和好。伊犁驻兵，乃防回侵害。俟中国克乌鲁木齐、玛纳斯，即以交还。”又言：“此行意在请由内地开通茶市，径运陇边。”宗棠念俄已于恰克图通商，此请径销茶引，正可杜私贩，自我定厘税章约，许以边事定后徐议。俄使即以关外粮运艰，自请代购其国，径运古城，欲速师期以通茶运，相与订约而别。
二年六月，官军复乌鲁木齐，北路略定。宗棠奏言：“新疆与俄毗连，疆场之事，一彼一此，不但措置乖方，动多妨碍；即语言交际，偶尔失当，亦启猜嫌争执之萌。臣奉恩命督办新疆军务，身在事中，得害安危，不敢不引为己任。应恳敕下将军、都统各大臣，于俄人交涉事件，除本有定章应各照常办理外，遇交涉新疆者，应咨臣定见主办，不必先与商议，致远人无所适从，庶径路绝而轨辙互通，论说少而争辩自息。”从之。于是议者谓“俄人始约克乌鲁木齐、玛纳斯，交还伊犁。各城已复，当与即申前议”。宗棠以为北路鲜当一面之才，即与旁缘旧说，必多要挟；即收回后，或别有意外之虞，翻难兼顾，不若姑以此委之，得壹意南路。南路平，即伊犁亦为不索而还。既而兵事愈顺，京朝益议交还伊犁。驻京俄使数以边境商民交涉各案未结为词，宗棠皆为平情定谳以报。三年十二月，新疆悉平，叛回渠魁遁入俄。四年正月，宗棠请敕总理衙门与俄使按约索取，复饬金顺移书俄边官，以还伊犁、交叛逆两事并议，而许以重犒。久之不报。是秋，俄借贸易，给白彦虎等路票，入边为寇，擒斩甚众。时五年正月，俄复纵逋回犯边，亦多击斩。朝廷已命吏部侍郎崇厚为全权大臣，与俄政府议收还伊犁事。据宗棠奏俄据伊犁后地方情形，“伊犁西面旧有拱宸、瞻德、广仁、塔勒奇四城，均弃而弗守，倾圮殆尽；绥定一城，近以之杂置陕回，距伊犁仅三十里。伊犁大城，人烟甚少，俄兵及商户，均萃居东面惠宁、熙春、宁远三城，而金顶寺烟户尤多。伊犁管事俄官名马伊尔，品秩不过中国同知、通判之类，主伊犁之事者，七河巡抚也。七河一作七水，其官为固必纳三尔，其名为喀尔怕科斯克依。所驻阿尔图，地属俄境，在伊犁西八百余里。其兼辖之官，名图耳齐坦总督，名为克复满，亦呼高伏满，自称代国大臣，驻浩罕故都塔什干城，距我喀什噶尔不过数十程”云云。观此，知俄于伊犁并不设重兵防华，金顺辈之欲以兵袭取，自是无识之谈。袭取不患其不得，交邻固不当轻以兵相见也。