1938年4月初，萧军与萧红在西安的八路军办事处正式分手。根据萧军的描述，萧红是微笑着跟他提出分手的，萧军表示同意，并没有过多渲染他们的初识，以及在哈尔滨旅馆度过的艰难岁月。
当然，根据给萧红写传记的作者，也是她生命晚期的好朋友骆宾基的说法，当时在哈尔滨那个旅馆里，也就舒群和萧军去看过她，当初可能并没有像萧军描述的那么具有文学性。因为骆宾基听萧红聊过很多事、很多人，但最终萧红并没有非常甜蜜、快乐或是浓重地讲起她与萧军的第一次相见。
两人分手之后，萧红很快明确了与端木蕻良的恋爱关系。端木蕻良也来自东北，他的出身和萧红有点儿像，也是地主家庭，但有些没落了。端木中学、大学读的都是名校，这一点跟萧红完全不同，他南开中学毕业，在清华大学念书，晚年研究红学，写《曹雪芹传》，虽然早中年是一位文学家，但晚年更像一个学者。《萧红小传》的作者骆宾基也是这样的人，青年时期从事文学，晚年研究经文和古文，这也是从作家向学者的一个过渡。在这方面，端木跟萧军是不一样的。
同年5月，萧红与端木在汉口举办婚礼。8月上旬，因武汉形势危急，日军打过来了，端木独自离开武汉前往重庆。9月中旬，萧红与另外一位女士结伴也去了重庆，在走到宜昌时同行的女伴吐血，萧红手足无措，幸亏当时船上有位《武汉日报》的编辑，帮忙把同伴送到了医院。两天后，萧红一个人到达重庆。而在两个月后，她在重庆江津白沙镇的一家妇产医院产下一名男婴，这就是萧军的骨血。但是不幸的是，这个男婴在三天后就去世了。
1939年12月中旬，因为害怕重庆也会沦陷，端木蕻良和她一起去了香港。去香港，更多的是端木的主意，因为他在香港有个朋友，与张学良的弟弟张学明关系很好，在香港当地算是位富商，端木当时想去投奔这个朋友。但当时在重庆的一些朋友不建议他们去香港，但又没集体挽留，事后萧红也比较后悔，说不该去香港。