生命诞生于大约35亿年之前。6.5亿年前，多细胞生物首先出现。(当你得了感冒的时候，要记住让你感冒的微生物几乎比你领先了30亿年!)到了大约6亿年前水母开始出现的时候，动物已经发展进化得非常复杂了，其感知系统和运动系统开始需要互相沟通，这就导致了神经组织的出现。随着动物的进化，它们的神经系统也同时进化，慢慢就发展出了类似大脑结构的神经集合体。
所谓进化，其实就是对已存在的能力进行强化。按照保罗·麦克莱恩的说法，生物进化的整个历程都会在大脑里留下印记。依照进化的先后次序，大脑可以分为爬行动物区、史前哺乳动物区和新哺乳动物区。顾名思义，这些区域名称对应我们的动物祖先进化出这个大脑区域时所处的动物类型。
相对来说，最外面的大脑皮层是在进化的晚期才出现的，要更复杂、更精巧一些，反应速度则较慢，对于各类神经信号都有缓解和抑制作用。它的下面是大脑皮层下区域和脑干，这些组织要古老得多，结构相对简单，没那么精巧，但是反应迅速，对于各类神经信号都有加强作用。(大脑皮层下区域坐落在你大脑的中心位置，最外面是大脑皮层，下面则是脑干。脑干实际上就是爬行动物区。)你每天在生活中的各种活动、各类反应，其实都是由你大脑里的蜥蜴-松鼠-猴子大脑的综合体——也就是爬行动物、史前哺乳动物和新哺乳动物大脑的综合体——来一级一级地做出决定并进行指挥的。
毫无疑问，大脑皮层作为大脑里最先进的部分，对大脑的其他部分有着巨大的影响力。可以说它是由进化的压力所塑造的，在进化的过程中，逐渐赋予了我们抚养、教育、沟通、协作和爱的能力。
大脑皮层可以分成左右两个半球，它们之间由胼胝体互相连接。基于整个进化过程，(绝大多数人)大脑左半球都专注于推理和语言过程，右半球则专精于整体把握能力和形象思维能力；当然，你大脑的两半部分之间是紧密协作的。很多神经结构都会两边对等，一边一个。但是比较古老一点的神经结构——也就是在进化过程中出现得较早的那部分，结构上就呈单一化(典型的就是海马体)。