1886年2月，弗洛伊德赴巴黎留学回国时，绕道柏林，逗留了一个月的时间。可能有两个原因：一是按弗洛伊德在神经科的临床经验和科研成果，他完全有资格在维也纳大学医学院精神病和神经病诊疗所担任要职。但是，他获悉因种族歧视的关系，他无望在那里任职。二是来法国留学前，维也纳一家公立儿童医院院长卡索维茨（Max Kassowitz，1842～1913）想请他负责儿童神经科的工作。所以，弗洛伊德到柏林后专门拜访了弗里德利希皇家医院院长、儿科教授巴金斯基（Adolf Baginsky，1843～1918），受到他的热情的接待和帮助。弗洛伊德除了解儿童常见疾病方面的知识之外，他还和巴金斯基博士，以及慈善医院神经病与精神病科罗伯特·汤姆森（Robert Thomson）博士和海尔曼·奥本海姆（Hellman Oppenheim）博士一起做了一些研究。弗洛伊德还为巴金斯基编辑《儿童医学杂志》提供过神经学方面的文稿。后来，弗洛伊德在卡索维茨的医院刊物上发表过几篇颇有分量的论文，专门论述幼儿大脑单双侧麻痹症。由于这个缘故，维也纳大学医学院诺斯纳格教授后来（1897）让弗洛伊德在他的巨著《普通与特殊疾病治疗手册》中负责这一专题的撰写。回到维也纳以后，弗洛伊德正式担任儿科疾病研究所神经科主任多年。
与此同时，1886年4月，弗洛伊德正式开业行医。布洛伊尔主张开始收费要低些，甚至穷人可以免费治疗，弗洛伊德听了很泄气。尽管做了广告宣传，挂上了金字招牌，但头几个月患者寥寥无几，收入极其有限。由于玛莎处处表现出忍让、俭朴和顾全大局，弗洛伊德在生活上的困难才不至于影响他的工作。随着弗洛伊德事业的发展，他不仅个人享誉世界，而且家庭幸福美满。但这段贫困的生活他们却永远没有忘记。