一九四四年八月四日，全副武装的德国警察随同荷兰纳粹一起对办公室进行了一次突袭，密室中所有人都被捕了。九月三日，密室里所有犹太犯人都被装在货车里押往奥斯威辛。
在突袭中，警察毁了整个密室。几天后，一名办公室勤杂人员在密室地上一堆旧报纸里发现了几本包括安妮日记在内的笔记本，便将其交给了梅普·吉斯（二零一零年一月十一日这位《安妮日记》手稿抢救者因病去世，享年一百岁）。一九四五年战争结束后，梅普·吉斯将日记交给了密室唯一幸存者：奥托·弗兰克。
凡·达恩被送进了毒气室；奥托·弗兰克在集中营待到一九四五年一月二十七日被苏联军队解救；彼得·凡·达恩随大约一万一千名集中营的其他囚犯被德国人向西疏散——从此杳无音讯；安妮的妈妈弗兰克夫人死于一月五日，而玛格特和安妮在妈妈死亡之前两个月被送往德国的柏根——贝尔松。在那里，安妮展示了勇敢和刚毅的品质，这些品质使她在奥斯威辛与众不同。一九四五年二月，姐妹俩先后得了斑疹伤寒。一天，一直躺在安妮上铺的玛格特想要起身，突然失手摔在地上，虛弱和惊悸夺走了她的性命。姐姐的死给安妮带来了以往一切苦难都不曾产生过的打击，她的意志被彻底摧垮了。几天后，她就死了。
安妮日记被抢救出来后，于一九四七年在鹿特丹首次出版发行，后被译成了六十多个语种。与此同时，安妮的事迹还被拍成了电影——《The Diary of Anne Frank》(安妮日记)，全球发行。
阿姆斯特丹市中心——这个犹太小女孩安妮·弗兰克和她的家人藏身的那个密室现被称为——安妮之家(Anne Frank House)，每年都有超过五十万的游客前去参观。