1. 如何保存
通常在低温环境下益生菌可以保持较高的生物活性，除地衣芽孢杆菌、酪酸梭菌、凝结芽孢杆菌、枯草杆菌制剂可以在常温下保存外，其他肠道微生态制剂需低温2～8 ℃保存，注意避光、密封。随着科学技术的发展，现在很多益生菌做了冻干处理，也是可以保存在常温下的，但是保存在低温下的效果更好。
对于袋装粉剂的益生菌，在服用时一定要注意，未服用完的益生菌须立即封好放入冰箱冷藏保存，避免有害菌污染。
2. 服用时间
通常情况下，益生菌是餐后服用的，因为益生菌对胃酸很敏感，过多的胃酸会杀灭益生菌，空腹时人体会分泌大量胃酸，不利于益生菌的存活。
益生菌大多为活的微生物，当活的益生菌和抗生素同时服用时，会影响益生菌的生存空间，降低益生菌的活性，所以服用益生菌时建议和抗生素隔开，最好间隔2～3小时。
布拉氏酵母菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌、粪肠球菌等益生菌对抗菌药物不敏感，不需要和抗生素隔开时间服用，但布拉氏酵母菌本身属于真菌，不能与抗真菌药物一起使用。
3. 冲调方法
益生菌的冲调，通常是加入不超过40 ℃的温水或奶制品当中，因为高温会杀死益生菌，降低益生菌的活性。