益生菌是否安全取决于其是否存在潜在感染和是否能携带和传递耐药性，但是截至目前，国内外没有益生菌引起严重毒副反应的相关报道，国内也未见到使用益生菌引起感染和传播耐药的报道。
主要使用的益生菌菌种如乳杆菌、双歧杆菌、酪酸梭菌和肠球菌，主要从健康人肠道分离而来，作为健康人体微生物环境的一部分，这些菌株是人类经过不断进化而形成的，且有些菌株在人类历史长河中已经使用了上百年。
近几十年来，临床中也开始使用来自人体肠道以外的菌株，例如布拉氏酵母菌、地衣芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌。换句话说，益生菌的安全性得到了时间的验证，所以家长朋友们不必担心益生菌会给孩子带来什么负面影响。