隋朝的统治已经摇摇欲坠，而这期间，玄奘一直在东都洛阳研究佛家经典。太原府留守李渊起兵攻入长安，这时候的洛阳也是兵荒马乱，人心惶惶。李渊攻下长安的消息不久就传到了洛阳，玄奘和哥哥商量，说：“这里虽然是我们父母祖先居住的地方，但局势演变至此，我们没有理由留在这里坐以待毙”。
长捷静静地听着，他知道玄奘必定已经有了打算。果然，玄奘接着说：“听说李渊为人正派，心存仁义，天下百姓都把他看成父母一般，为今之计，我们还是去长安吧。”长捷很赞成玄奘的话，就与他一起前往长安。
武德元年（公元618年），玄奘和哥哥来到了长安庄严寺。安定下来之后，玄奘发现了一个很严重的问题，当时的长安百废待兴，一切以军事为要，根本就没有人关注其他的事情，整个长安城连一个佛学讲席都没有，他们显然来得不是时候。
一直到贞观二年（公元628年），国家才完全统一，之前的几年间，用李世民的话说，就是“货赂公行、纪纲紊乱”，混乱的长安城根本就没有人有心情来听出家人的讲经布道。玄奘兄弟在庄严寺住了一段时间，终于确定了一个适合的去处，这才收拾行囊，离开长安。
隋炀帝曾在洛阳设立了四个道场（道场就是供佛或修道之处），召集天下名僧住在里面研究佛法，其中为首的四人就是慧景、智脱、道基、宝暹四位法师，他们为人们讲解经学，解答疑惑，在佛法上的造诣很高。这些得道高僧威望很高，值此天下大乱之时，很多僧侣都跟随四位高僧前往当时较为安宁的四川地区宣扬佛法，一时间成都高僧会聚，成为了全国佛法的中心。
玄奘向哥哥建议说：“此地无法事，不可再虚度，我们就到四川去吧。”
两人经过商议，最终决定经由长安西南的子午谷向四川进发。在汉中（今陕西南郑）遇到赫赫有名的空、景两位法师，玄奘对他们闻名已久，所以二人又在汉中停留，向二位高僧讨教佛理，学习经义。十个月后，玄奘兄弟才一同出发，前往目的地成都。