僧侣们为了激起玄奘的求生意志，都来要求他开始翻译另一部一百二十卷的《大宝积经》，玄奘叹了口气，说：“我已经没有足够的气力，翻不完的！”无奈众人一再恳求，玄奘只好勉强翻译了数行，便感到气力不支，只好停笔。他对大家说：“《大宝积经》与《大般若经》部头差不多，我气力不济，死期将至，再也无法将它翻译出来了，只好等待后人翻译了。”众人莫不为他的话伤心落泪。
玄奘灵骨塔
正月初九的傍晚，玄奘在跨过一条水沟时不慎跌了一跤，最初几天还没什么严重的症状，但是从十三日开始，玄奘就倒卧在床，脑筋也不太清醒。蒙眬中玄奘梦见许多穿锦衣的人在玉华寺出出进进，玉华寺也被各种锦花和珠宝装饰得美轮美奂，有人带来了各种水果珍味来供养他。他想婉言拒绝，不料被旁边照料之人的咳嗽声惊醒，才明白那是一场梦。玄奘命人把译好的经论列出来进行统计，他翻译和主持翻译的经典总共有七十四部一千三百三十五卷。
正月二十三日，玄奘挣扎着坐起来诵念经文。到了二月初四的夜里，相传服侍他的明岁法师看见两个手捧白莲花的人走到玄奘面前，玄奘回头看了一看，就双手合十，默默祷告，然后身体向右侧卧，以右手垫住头部，左手放在左大腿上，两脚相叠。玄奘就一直保持着这个姿势，再也没有翻身。初五的夜里，玄奘呼吸逐渐变得微弱，不久就圆寂了。据说玄奘死时面带微笑，表情安详，他的遗体停放了七十七天，却没发出任何腐臭味。
四月十四日，玄奘的遗体被葬在长安东郊，淮水之东的白鹿原，他的哥哥长捷法师就葬在附近。遵照玄奘的遗言，灵柩用粗陋的竹席子编成的车运到坟地，送葬的人多达百万，在长安城外连绵不断，葬礼完毕后留下来过夜守坟的达三万人之多。