太宗驾崩后，玄奘回到大慈恩寺专心译经。他严格按照自己的计划进行工作：先拟订进度表，规定每天应完成的进度，白天如果有事耽误，那么就用晚上的时间做晚。很多时候玄奘都深夜才睡觉，第二天天没亮就起床。先圈出当天要翻译的梵文原本，然后开始工作。除了译经，玄奘每天还要讲经，解答来自各地的学僧的疑惑。因为玄奘担任上座（僧人居最高位者，在住持之下，为一寺领袖），还要时常处理一些寺务，为皇室中人讲解佛经，回答他们的咨询。虽然杂务缠身，但玄奘从来不让这些事影响自己的译经工作，凡事他都能从容处理，不露半点倦容。玄奘还不忘劝导来访的王公卿相多行善事。他学养深厚，见识又广，讲解深入浅出，不令人厌烦，所以很受大家的爱戴。
向来注重未雨绸缪的玄奘，为了避免带回的典籍和佛像遗失或遭水火之灾，就在大慈恩寺的正门对面建造了一座塔，塔中存放着七年前所带回来的经像。开始的时候玄奘打算用石块来建塔，但高宗指示要改为砖造，因为石造的佛塔工程浩大，费时费力。这座塔高一百八十尺，是一座西域风格的塔。整个工程费时两年，玄奘在百忙中还曾亲自挑土搬砖。
这年五月，玄奘收到了印度来的问候信和礼物，一封是戒贤的得意门生智光写的；另一封来自精通小乘理论曾遭玄奘痛斥为谬论的慧天。玄奘写了回信让使者带回，玄奘之前从大唐的使团那得知了戒贤大师的死讯，他在信中表示了哀悼之意。
玄奘在大慈恩寺收了一位特殊的弟子，那就是来自日本的留学僧道昭。他是日本史上第二批，同时也是大化革新后的第一批遣唐使及学生（僧）之一，深受玄奘的赏识。道昭很认真地跟玄奘学习，认为玄奘所倡的唯识学是很新的佛学思想。玄奘圆寂的第二年，在长安待了十二年的道昭带着大批经论回到了日本，在奈良建立法隆寺收徒授业，是第一个将玄奘的法相宗传到日本的人。另有智通、智达两位留学僧也受业于玄奘，他们对于法相宗在日本的传播也作出了一定的贡献。还有一些留学僧在玄奘那里学习，其中比较有名的是智周。