明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿袭汉唐旧制。后来随着明太祖统治力量的逐步加强，才定出自己的一套新制度。据《明太祖实录》卷239载，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖御奉天殿，敕谕文武群臣说：
自古三公论道，六卿分职。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下事务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。
这套制度既不是复古也不完全是创新。然而，经过时间的演变，明中期的制度，与初期却大有差别。
一、三公三孤
明代中枢政务机构初期有三公（太师、太傅、太保）、三孤（少师、少傅、少保）。元代仅置三公，未有三孤。惠帝、成祖时，曾一度废公、孤官，至仁宗时复置。《明会要amp;#8226；职官一》引《弇山集》说：
建文、永乐间，罢公、孤官，仁宗即位，授张辅太师、沐晟太傅、陈懋太保；蹇义进少师、杨士奇进少傅、夏原吉进少保。於是公、孤立官备。
公、孤为皇帝之辅佐官，职位崇高。蹇义、夏原吉、杨士奇、杨荣四人在宣宗时犹受恩宠。《昭代典则》载明宣宗赐玺书说：
古者，师保之职，论道经邦，不烦以政。少师义、少傅士奇、少保原吉、太子少傅荣，皆祖宗遗老，畀辅朕躬。今黄发危齿，尚令典烦剧，兼有司之事，非所以优之也。其辍所务，朝夕在朕左右，讨论治理，共宁邦家。其勋阶爵禄并如故。
自蹇义等以后，公、孤立官无专授，实际上是一种虚衔。中期以后，成为勋戚及文武大臣之加官、赠官。而文臣无生加三公之例，惟死后赠之。万历年间，张居正为太师，实掌朝政，这是特例。