当然，蛟龙级潜艇的设计指标非常高，它的性能也是同时代最为出众的，不过潜艇本来就是一种非常复杂的海上武器平台，设计建造的复杂程度要远远超过之前的快速炮艇。同时，一艘潜艇的价值也是炮艇的十数倍，动辄就是上百万美元。
从设计的角度来说，潜艇和其他的舰艇一样，都是综合各方面的因素之后进行折衷的结果。但是，在潜艇设计过程中，由于设计师必须满足各种相互矛盾的条件，兼顾各种因素进行折衷实际上是非常困难的。
首先要考虑的就是潜艇的水下性能优秀，也要权衡潜艇的水面性能。另外一个需要考虑的折衷就是潜艇的排水量、主要尺寸和潜艇的总体性能之间的平衡。比如说，排水量的增大，可以带来很多好处，武器携带量增加，燃油也增加了，作战持续能力提高，但是排水量的提高，必须要有足够的动力作为支撑，如果动力不足，潜艇的性能就会大幅度下降，甚至是得不偿失的。
在进行潜艇设计时，还必须要保证潜艇具有足够的浮力，使其能够从水下浮到水面上来。当潜艇处于水下状态时，潜艇水密部分的排水量必须等于潜艇的总重量。潜艇下潜之后，对潜艇进行控制的基本条件是使潜艇既不下沉又不向水面上浮，要保持一个平衡的状态，而水下航行期间所发生的微小上下起伏，都是靠水平舵和推进器来控制的，要做到这些是很不容易的。
潜艇的另外一个高难之处，就是潜艇是水下航行的船舶，所以它需要承受海水的巨大压力，下潜深度越大的潜艇。设计建造就越是困难。容积是潜艇设计的基本参数，潜艇设计的最开始，就是从预测需要的内部空间开始，而耐压艇体则有效地包复了这些容积。减少潜艇的重量并没有减少潜艇的排水量，这是因为实际上没有减少耐压艇体内的空间，潜艇可以下潜到很大深度。直到它的耐压艇体所受的载荷达到临界状态为止。