尽管设计建造潜艇，对于龙魂兵工联合体来说，还是头一次，但龙魂兵工联合体有着雄厚的资本，还有各种先进技术和充足的人才资源，所以在这样的情况下，蛟龙级潜艇的研制工作，还是艰难地开始了。
除了艇体的设计外，潜艇的动力装置和系统是非常重要的。就像是飞机的动力一样，潜艇的动力系统是潜艇的核心之一。在潜艇发展的历程中，直到十九十世纪末，潜艇才有了可靠的水下动力装置。潜艇上所使用的第一种动力装置是蓄电池提供电能的电动机。
但是当时的蓄电池和电动机组成的潜艇动力装置主要缺点是持续工作时间太短，一般来说在水下进行高速航行，蓄电池工作时间只能维持两个小时左右，以极低的速度航行可以达到二十小时。
后来潜艇水面航行动力设备与水下航行动力设备结合在一起，就产生了柴电潜艇。当一艘柴电潜艇处于水面状态或是通气管状态时，潜艇由柴油机提供推进动力，根据设计师的不同设计原则，或者采用柴油机直接驱动推进轴的方式，或者是通过柴油机发电机组、蓄电池、主电机以电力驱动推进轴的方式。不过在水下航行时，水下动力就全部来自蓄电池组。
不过，龙魂兵工联合体已经有了坦克用柴油机的研制经验，所以研制起更大一些的潜艇用柴油发动机来，问题也不是很大。最难的是蓄电池和电力系统的研制，还有潜艇武器系统的研制，在这些领域，龙魂的兵工联合体是第一次。
肖卫国作为一个未来的兵工专家，当然不会采用柴油机直接驱动推进轴的动力设计。因为在战后。几乎所有的潜艇都采用了柴油机电力推进系统。它有一套高能蓄电池，还有转速超过每分钟一千转的高速柴油机及专用发电机。无论艇上的柴油机是否处于运行状态，蓄电池组的能量都可以用于驱动单独设计的，噪音很低的推进电机，使潜艇以低噪音进行水下潜航。