清末至宣统元年时，中国海军虽然不济，但名义上还有大清帝国第一舰队和第二舰队。第一舰队即海防舰队，第二舰队即内河舰队也称长江舰队。但实际上各省督抚阳奉阴违，加上海军内部闽系、粤系、鲁系、鄂系等派别之间的地缘政治倾轧，导致全国依然有五支舰队。分别是北洋水师、南洋水师、福建水师、广东水师和长江舰队。
其中北洋水师依然是海军主力，配备当时最先进的英国造头等巡洋舰海圻号，德国造巡洋舰海容号、海筹号、海琛号三舰，以及飞云号、飞鹰号、通济号三艘驱逐舰，辰字、宿字、列字三队鱼雷艇。其中海圻号巡洋舰的姊妹舰，大清国最先进的巡洋舰海天号于1904年触礁沉入长江。
福建水师因防御台湾的日本澎湖舰队而存在，有元凯号、超武号、靖海号、泰安号四艘老式轻巡洋舰，镇海号、登瀛洲号、楚材号三艘老式炮舰，张字、军字两队鱼雷艇。
广东水师扼守南洋，防御任务很重。有蓬洲号、镜清号、芝观号、联鲸号、南琛号、保民号、建安号、琛航号、伏波号七艘老式轻巡洋舰，广干号、广金号、广庚号、广戊号四艘炮舰，宝壁号驱逐舰一艘，运兵船新裕号、广宇号。
长江舰队有江元号、江亨号、楚泰号、楚谦号、楚同号、楚有号、楚观号、安放号等炮舰，兴字、鹏字、燕字三队鱼雷艇。
南洋水有测海号、靖清号、策电号、钧和号四艘老式轻巡洋舰，飞虎号、金瓯号、并徽号三艘炮舰。
朝廷已经将南洋水师划入长江舰队，但是长江舰队只为两湖总督张之洞办事，两江总督瑞方于是借稽查鸦片走私为由，将南洋水师各舰截留在南京，依然保留了南洋水师番号。后任的张人骏更是跟张之洞分家，将长江舰队分成两部分，南洋水师归两江，之前的长江舰队归两湖。