和硕特汗国的覆灭和叶尔羌汗国的覆灭，虽然都是大顺军出了主要力量，但结果却是让卫拉特四部之一的小小准噶尔部，收取渔翁之利，获得了大部分利益。
固始汗被击灭，盘踞西藏的和硕特汗国被顺朝远征军彻底灭国后，准噶尔部趁机击破了同样在天山一带游牧的和硕特残部，得以彻底统一卫拉特诸部。
原本准噶尔部的僧格台吉，借这次对外战争的胜利，消弭了内部矛盾。他在打败和硕特部、成为卫拉特四部盟主以后，改称浑台吉，同僧格浑台吉本来有许多矛盾的两个弟弟，则被放出各领一部，前往伊犁一带游牧。
叶尔羌汗国在哈密被顺军打败以后，原本就开始游牧至伊犁河谷流域的准噶尔部，立即召集卫拉特各部联军，大举攻伐叶尔羌汗国，给了这个在顺军攻打下已经垂死的回教政权以最后的致命一击。
叶尔羌汗国亡国后，哈密及塔里木盆地东部的一部分绿洲城市被顺军控制。但更加富庶的伊犁河谷及塔里木盆地西部的喀什等城市，则落入了卫拉特诸部联军的手中。
僧格浑台吉放任大军劫掠了这些以绿洲农业和丝绸之路商业为主的城市居民，满足了卫拉特各部的需求，借此又强化了准噶尔部的盟主地位。
僧格浑台吉手握分配这些城市布匹、铁器、火药、粮食等资源的大权，便能够在卫拉特诸部中拉一派打一派，很快便在各部落中扶持起了大量拥护其盟主地位的铁杆盟友。
准噶尔部对整个西蒙古卫拉特各部的支配力量，得以大大增强了。
在这样的形势下，僧格浑台吉又引兵西向，过伊塞克湖，翻过葱岭，进入费尔干纳盆地大肆劫掠，满载而归。
回国途中，准噶尔人又遭到哈萨克部落的袭击，他们凭借驼城反击，大获全胜，等到返回天山草原时，僧格浑台吉控制的总兵力，已经达到了五万余骑之盛，兵力之强还超过了和硕特汗国的全盛时期。