明军的人数虽然较少，但身处万里之外的异国他乡，又都是经历了明末以来连年战事的百战老兵，兵卒精炼，战意如虹，一时间横扫北印度。
孙可望更派遣窦名望率军进入阿富汗地区，在当地招募了大批英勇善战的骑兵，编为三千营补充明军的骑兵弱点。
孙可望是基督徒，呆迷儿帝国名义上的领袖太平天国皇帝朱由榔和幼天王也都是基督徒。而在北印度，大量锡克教徒、缠回、印度教徒混居，民族隔阂，宗教压迫，无处不在。
这一切都让孙可望忧心忡忡，深感天竺固然富裕，但要治理妥当的难度，远比下缅甸要高。
何况明军在缅甸时，焚毁佛寺、攻灭部族，根本就没打算在当地久居下去。
现在到了印度，孙可望已有长期盘踞，作为明朝中兴之基的考虑，因此也就绝不可能再继续实行缅甸行营时期的拷掠政策。
为此，孙可望挟战胜之威，采取高度集权、开明的君主专制统治，实行了行政、经济、司法、军事、宗教等一系列改革。
孙可望泛吸纳印度教徒加入统治阶层，掌管军政事务，来化解宗教之间的矛盾，并且借助他们的力量，压制反抗明军的莫卧儿帝国回回王公的势力。
他建立了一套司法制度，在各省各县设立法庭，甚至在每个村庄也尽量安排人处理地方司法事件。回回教法的权威，或者印度地方宗族习惯法的力量都被极大削弱，代之以较为公正的律法。由于加强了对地方的控制，盗匪也变得稀少。
呆迷儿帝国继续延续了行营时期对贪官污吏剥皮实草的办法，孙可望下令严惩贪污，绝不许地方中饱私囊。因为有成效的反贪，他得以减少对人民的剥削，经过丈量的田地既可以用货币也可以用实物纳赋，田赋被规定决不能超过收成的四分之一。