前明嘉靖后期到隆庆年间，在徐阶、高拱、张居正等人的主持下，明朝开始对河套地区采取攻势，即通过变被动防御为主动出塞，采取赶马、打帐、烧荒、捣巢等军事手段对蒙古人进行反击，这种办法在成化年间也称为“搜套”。
虽然搜套过程中明军伤亡也大，但却使占据河套地区的俺答汗部损失更大，逐渐陷入被动。
隆庆五年，明朝封俺答汗为顺义王，其妻三娘子为忠顺夫人，双方就此互市，河套地区遂保持安定。
万历四十一年三娘子去世后，原本为顺义王控制的鄂尔多斯、土默特等部群龙无首，开始各行其事，屡犯明朝边境。只是由于蒙古本身已经衰弱，这种犯境对明朝构不成实质威胁。
后金的兴起让明朝与蒙古在河套地区的争夺不再成为战略重点，随着林丹汗的崛起以及后金军对蒙古部落的打击，原本占据河套地区的鄂尔多斯部及土默特部开始没落。
崇祯五年，后金酋长洪太亲自率军远征河套，时为河套之主的蒙古林丹汗不敌败走青海，后金军遂占领包括河套地区的所有漠南蒙古地区，其版图也从辽东一直延伸到嘉峪关，对明朝形成了彻底边防优势，再也不必局限于山海关或北京附近的长城关隘入寇，而是随时随地可从长城沿线任何一处突入，使明朝防不甚防。
为了统一管理蒙古人，洪太将漠南蒙古定为“内属蒙古”，其余蒙古部落为“外藩蒙古”。
凡内属蒙古都编成旗，以梅勒章京或总管为旗长，其下同八旗蒙古一样也设参领、佐领，骁骑校、护军校、前锋校等官吏。
前明崇祯年间清军五次入关，内属蒙古各旗随同入关的蒙古兵都在两万人左右。因为这些内属蒙古兵装备极差，并且相对满蒙八旗而言更是穷困，所以入关杀戮抢劫也最是凶残，同随清军入寇的朝鲜八旗兵一样被关内汉人称为二鞑子。