起诉书宣读完毕之后，法庭用数个小时的时间将公诉方准备的证据材料一一进行展示，其中包括南京大屠杀过程中各方拍摄的影像、战争结束后在南京各地发现的屠杀遗迹、堆满尸骸的万人坑、日军官方的文件记录、各级指挥官之间的私人信件、基层士兵的日记描述以及在东京档案馆中找到的大量报告文件。
尽管在意识到南京大屠杀可能为日本将来的国际环境造成不利影响之后，日军高层命令松井石根将大屠杀的痕迹彻底抹除，但是几十万人的死亡怎么可能不留下任何记录？况且，由于当时的日本法西斯并不认为自己在未来将会战败，它们也没有多么认真地执行毁尸灭迹的工作。
在大屠杀结束之后回国接受百姓欢呼的旧日军官兵并没有意识到，这一切都将在短短的十几年后成为它们的索命符。上万件证据以不同形式呈现在法庭众人的眼前，日本侵略军的暴行铁证如山。
当法庭内外的巨幅显示屏上依次展示那些证据资料时，在场的群众们再次开始了愤怒地叫喊。
而那几十个被法警架在被告席上的日本战犯们则浑身颤抖地看着那些它们曾犯下的罪行的铁证，其中的首犯朝香鸠彦更是不敢睁眼。这个到中国战场上企图沽名钓誉的懦夫，其实根本连尸体都不怎么敢接触，遑论那些惨死在它手下日军手中的无辜百姓了。
几个小时的展示时间结束后，梅汝璈敲了一下法槌，让正在呼喊中的群众们安静下来，并大声说道：“证据陈列完毕，现在请证人依次发言。”
法庭为南京大屠杀一案邀请到的证人共有数百名，为了避免审判时间过长，大部分证人只提供证言录音，而少数证人将在法庭上直接陈述。证人群体中包括南京大屠杀的幸存者、大屠杀发生时身处南京国际安全区的外国记者和外交官员、隶属于参与大屠杀的日军部队但并未参与屠杀事件的旧日军士兵及报社记者、第一次东京审判时对朝香鸠彦等战犯进行审讯的驻日美军军官。