继南京大屠杀案件的审判之后，第二批以集体犯罪的形式被送上东亚国际军事法庭的战犯就是臭名昭著的旧日本生化武器部队成员，其中包括恶名远扬的“731部队”以及相对而言比较少提到的“516部队”以及其他和生化武器相关的研究、作战人员。
以石井四郎为首的“731部队”负责研究生物武器，而“516部队”和其他相似组织则研究毒气，它们在侵华战争时期都以中国东北地区作为据点，在当地大肆抓捕平民以及中苏两国的战俘进行惨无人道的活体实验。当二战进入末期的时候，苏联红军发起八月风暴军事行动，走向末路的关东军司令部命令这些研究生化武器的机构彻底消灭证据，避免被苏联红军发现。
它们尽可能带走了所有那些沾满鲜血的研究资料，并将剩下带不走的所有东西付之一炬，并且枪杀了当时仍被关押在研究机构监狱里面的中国平民。苏联红军最终只在东北地区找到了少数一些没来得及逃走的次要战犯，而石井四郎等主犯乘坐飞机逃回了日本。
旧日军生化武器部队在位于中国东北的研究基地中的罪行一直到二战结束之后才得以被外界知晓，不过紧接而来的解放战争使得控制东北地区的我党无瑕在国际审判中提及此事。原本应该被指控反人类罪行的日军生化武器部队，通过和美国相关研究部门进行联络，答应献上它们在十几年中的研究数据并支持美国生化武器开发之后，得以免于在东京审判中被送上法庭。恶魔之首石井四郎甚至通过和美军德特里克堡基地的合作，获得了在这一领域继续抛头露面的机会，以及后半生的生活保障。
早在第二次东京审判开始之前，中国就已经在联合国平台上痛斥美国政府与这些旧日本法西斯的反人类组织相互媾和的罪行，并抹除了美国陆军的德特里克堡基地作为警告。美军生化武器研究组织的领导者鲍德温以及一大批骨干成员在上千度的烈焰中被烧成灰烬，这给美国的生化武器研究带了了非常大的损失。但尽管如此，美军依旧保留了他们在全国各地的其他生化武器研究机构，也曾经计划过用生化武器毁灭欧洲的“回形针二号”计划。