随后，九鬼嘉隆率船队主动推进，接连击沉数十艘毛利战船。毛利水军毫无应敌之策，只能眼睁睁的看着自己的战船一艘接一艘的被打掉。村上武吉和儿玉就英只得下令撤军。
至此，第二次木津川口之战以织田水军取得压倒性胜利而告终。
这一战使得大坂湾的制海权归于织田信长，淡路岛以西仍归于毛利辉元。同时石山本愿寺方面对毛利氏方面支援的希望彻底断绝，本愿寺士气低落。
第二次木津川口之战的胜利使得织田信长再次控制了大坂湾的制海权并确立了在石山合战中的优势，直接推动了织田家统一近畿。
九鬼嘉隆则从织田信长那里获得了摄津野田、福岛一带共七千石的领地的奖赏，使得总石数高达三万五千石，被称为海贼大名。
同时，此战是世界史上最早出现铁甲船的战斗，具有划时代意义。
这一年的正月，织田信长向摄津国的石山本愿寺发出了攻击的布告，三月十五日下达了全军出动的命令。
四月四日，织田信忠向石山本愿寺发动了攻击。杂贺众在起初协助本愿寺方参加防守，形势开始逐渐出现不利的局面。
如今毛利水军被击败，石山本愿寺陷入孤立无援的形式。
到了天正七年正月摄津有冈城的铃木孙一出城进入了摄津花熊城。
而在关东，二月一号，上杉景胜集结兵力，对御馆城发动总攻。
此时的御馆城实力最弱，尽管有猛将北条景广英勇奋战，但也是杯水车薪。
上杉景胜看得出只要北条景广死了，再想拿下御馆城就容易许多了，于是便让手下荻田主马出击，北条景广奋战多时，与荻田主马一骑讨时，被长枪刺落下马，当即战死。
上杉景虎的军队因为北条景广的战死，随即崩溃，逃回御馆城，御馆城被上杉景胜这方团团包围。