同时，为了使西域都护府的权力运行得有条不紊，丁靖更是让人将西域都护府的行政结构，进行了一系列的完善和调整。
此时，西域都护府的最高官吏为府尉，总领都护府的全部军政权力，相当于大汉的州牧之职。
并且，在西域都护府之下，又分化设置府三司，都护府三司分别管理军战、民政和督查，是都护府权力细化后的官署衙门。
现在的西域都护府之中，军战府司的统领是马超，民政府司的统领是精绝女王古丽娜，督查府司的统领是鄯善国王尼比龙。
这样的职责安排，也是有杨阜的道理，如此可以让这些西域的本土权贵，尚能在都督府中有权柄和话语权，减少大汉突然重登西域权力舞台后的诸项矛盾。
而随着西域都护府的重新建立，西域的局势也变得更加明朗了起来。
如今，西域诸势力面对的情况，也就只剩下两个选择了，要么臣服于大汉、加入都护府的统治，要么抗拒于大汉、和都护府战斗到底。
对此，西域诸国也都是仁者见仁、智者见智了，选择归附于大汉的国家也不再少数，比如姑墨国、温宿国等等。
到了最后，整个西域大地之上，却也只剩下疏勒国和龟兹国，依旧不服于都护府的统治。
对于这两个西域大国，杨阜、马超也不与之客气，直接率领都护府大军，前往征讨这两个国家。
而面对都护府的浩浩大军，疏勒、龟兹两国也有些恐惧害怕，便彼此立即互相结盟，欲要共同抗击都护府。
两国结盟之后，所整合起来的实力，却也是不可小觑的。
当即，杨阜也采取了应对之策，一面派马超带精锐大军，猛攻龟兹国的领土；一面又派庞德带着偏师军伍，前去疏勒国进行佯攻，使疏勒国不敢出兵就住龟兹国。
面对黄沙百战的锦马超，龟兹国根本没有胜利的可能，再加上疏勒国也不敢引大军来救援，最后龟兹国只有城破投降的结果。