在元代，白莲宗几经沈浮，但由于元朝宗教政策的相对宽松，仍然发展迅速，白莲忏堂大量出现，信徒众多。
据刘埙《水云村泯稿》记载：“南北混一，盛益加焉，历都过邑无不有所谓白莲堂者，聚徒多至千百，少不下百人，更少犹数十。栋宇宏丽，像设严整，乃至与梵宫道殿匹敌，盖诚盛矣。”
吴澄《会善堂记》亦云，其教“历千年而其教弥盛，礼佛之屋遍天下”。
正所谓物极必反，由于元朝宗教宽容政策的鼓励，白莲宗才出现“南北混一，盛益加矣”的现象，才会演变出以后的白莲教。
元代白莲宗势力虽然有很大发展，但并没有形成统一的宗教组织，而且，由于各地发展的不平衡，由于教内各类人群所处的经济地位不同，追求的目标不同，白莲宗产生了严重分化，呈现出截然相反的两种发展趋势。
其上层教首随著社会地位与经济地位的提高，开始勾通官府，跻身于社会上流。
这些教内上层分子仍然以白莲宗正宗流裔自居，恪守茅子元时期的教义，政治上亦采取与元当局合作态度。
另外有很大一部分人由于经济地位低下，身受民族与阶级的双重压迫，遂走上了反抗元政权的道路。
从支持元政权到反抗元政权的转变中，最明显地体现就是在其所奉教义的转变，他们背离弥陀净土信仰，吸收利用弥勒救世信仰，茅子元倡立的白莲宗，是从阿弥陀佛净土宗和天台宗融合并分化出来的，在教义上不同于弥勒净土一派，没有弥勒救世信仰。
因此，白莲宗的上层，便对这种引进了弥勒救世信仰的白莲宗大加训斥。
认为这是一种“迷失宗旨”、“不遵教典”的行为，“实法门中一弊事”，斥之曰：“误人误己，堪可悲哉。”
元末，弥勒救世信仰在下层白莲宗中更为流行，而这正是它能够与信奉弥勒救世信仰的弥勒教和“香会”相融合的原因。