当左宗棠率领湘军在闽南一带与太平军余部血战的时候，湘军统帅曾国藩奔赴中原，踏上了镇压捻军的征程。
对于此时的曾国藩来说，要想在镇压捻军的战场上复制镇压太平天国的成功，并不容易。诸多因素对他不利。
首先，“剿捻”的主战场在中原。这里河流湖泊很少，在湘军镇压太平天国的过程中扮演重要角色的湘军水师在这里几乎没有用武之地。相反，对于捻军强大的马队来说，这里却是绝佳的作战场所。
其次，曾国藩在攻下江宁后，主动遣散了他的嫡系军队吉字营，这导致他在“剿捻”的战场上，几乎没有嫡系的军队可以用。他所用的，主要是淮军。然而，淮军只听命于李鸿章，不听命于他。这种指挥的不通畅，给曾国藩带来了很大的麻烦。
再次，中原各省的督抚，大多不是湘军人物，曾国藩很难指挥得动他们。这些人往往只顾本省的利益，不顾大局。曾国藩拿他们没有办法。这也给曾国藩的“剿捻”造成了巨大的麻烦。
在这些不利因素的共同作用下，曾国藩虽然找到了镇压捻军的正确方略，那就是以天然的河流加上人工修筑的长墙，构筑包围圈，困住捻军，然后加以歼灭，却依旧无法对捻军构成致命的威胁。在捻军出其不意地突破了他精心布置的贾鲁河防线后，他被清廷剥夺了“剿捻”的指挥权。取而代之的，是他的学生李鸿章。
虽然湘军统帅曾国藩不再指挥“剿捻”了，但湘军与捻军的对决才刚刚开始。在“剿捻”中期，以曾国荃为首的新湘军以及鲍超、刘蓉、刘松山等率领的其他湘军，扮演了主力的角色。
新湘军是一支怎样的军队呢？原来，曾国荃在攻克江宁后不久，就回到了家乡休养。此后，清廷多次命他出山，他都以病重为由婉拒。直到1866年，他才接受清廷的任命，组织新湘军，前往湖北担任巡抚，并负责镇压西线的捻军。