当年左宗棠与李鸿章为海防重要还是塞防重要争论不休的时候，在朝廷中枢，支持左宗棠观点的只有文祥。正是因为文祥的力排众议，才有了后来的左宗棠大军进军新疆，北疆这才得以重回祖国怀抱。然而，文祥认为，清军收复乌鲁木齐以后，就应该停止进军，划地自守。这与左宗棠的想法有着重大分歧。左宗棠认为，只有收复新疆全境，西北才能安宁，才算大功告成。但在当时，由于反对进军新疆的人太多，左宗棠只得采取迂回的办法，暂时迁就，同意文祥只占据乌鲁木齐的方略，以换取更多人对收复新疆的支持。
现在，不光是乌鲁木齐，整个北疆除了俄国占据的伊犁外，都已经收复。事实证明，文祥高估了阿古柏侵略军的实力，而左宗棠一直主张的收复新疆全境，是完全有可能实现的。在这种情形下，左宗棠开始着手准备进军南疆的事宜。
不出左宗棠所料，他的进军南疆的主张遭到了以李鸿章为首的妥协派的反对，以及英国侵略者的干涉。
得知清军收复北疆，即将进军南疆后，英国人大为惶恐。他们很清楚阿古柏侵略军的实力，深知一旦清军南下，阿古柏侵略军就将灰飞烟灭。如此一来，英国利用阿古柏侵略军，向新疆渗透的企图，就不可能实现了。阻止清军南下，维护英国在新疆的既得利益并扩大之，这是英国外交家们的重要任务。
当时，英国驻华公使威妥玛在与李鸿章交涉云南马嘉理案。早已丧失民族自信心的李鸿章秉承清廷意旨，一味妥协。几番交涉下来，威妥玛算是彻底看清楚李鸿章的为人了，这人的眼中只有四个字，那就是“息事宁人”。这样的敌国外交家，威妥玛最喜欢了。
在交涉马嘉理案之余，威妥玛向李鸿章提出了一个解决南疆问题的方案，那就是保存阿古柏伪政权，作为中国的附属国。为了迫使李鸿章接受他的方案，威妥玛还吓唬李鸿章说：“贵国用兵日久，俄国人可能会乘机来取新疆，这不仅会危及到印度，对贵国的边界也将很不利。”