在武装反击阿古柏余孽侵扰的同时，清廷以崇厚为出使大臣，前往俄国办理收回伊犁事宜，而俄国方面，也将驻华公使布策调回国内，预备谈判。一场谈判桌上的没有硝烟的战争即将打响。
崇厚当年协助曾国藩办理天津教案，一味委曲求全，遭到不少人的谩骂。此番他再次被赋予外交重任，很多人，尤其是那些坚决主张对外强硬的清流派很是不满。
崇厚这次前往俄国的路线是从南洋取道红海、地中海、黑海直达俄国。清流干将张佩纶对此提出了异议。张佩纶说：“使臣前往俄国谈判新疆问题，应该首先明白新疆的形势。所以，出使的路线必须经过新疆。实地考察一番，才能对形势有深刻体会，才能做到知己知彼，才能在谈判桌上缓急自如，取得先机。然而现在，使臣经海路前往俄国，不明白边塞的实情，不知道将帅的谋略，怎么能谈判好？”
清廷这次派崇厚出使，还给予了他全权大臣便宜行事的名号。张佩纶坚决反对这一点。他说：“按照西洋的惯例，使臣有了全权大臣便宜行事的名号，就可以在关系重大却来不及详细商量的事情上自作主张。我恐怕俄国人会利用这一点，逼迫崇厚迅速签约。到时候，国家将遭遇重大的损失。”
从事后来看，张佩纶的这些主张都是很有先见之明的。正是因为崇厚不了解新疆的形势，不明白伊犁南面特克斯河流域对伊犁防御的极端重要作用，所以才没有力争这一重要区域，导致他擅自与俄国人签订的《里瓦几亚条约》遭到了主战派大臣的猛烈抨击。
特克斯河流域是伊犁与南疆取得联系的重要通道。从伊犁出发，前往阿克苏、乌什等南疆城市的道路，都要经过特克斯河流域。一旦特克斯河流域被俄国占领，伊犁将变得异常孤立，完全不能防守，而且南疆也会因为不能和伊犁联系，变得更加孤立。这样一来，中国就徒有收复伊犁之名，而没有收复伊犁之实。崇厚之所以遭抨击，主要就是因为他轻易地放弃了特克斯河流域。后来的曾纪泽之所以被视为民族英雄，也主要是因为收复了特克斯河流域。