伊藤博文和李提摩太同时到达北京，引起朝野极大震动，慈禧对此是什么态度，没有直接的史料记载，但是，通过光绪帝的异常反应，可以看出，“帝、后矛盾”在这一时段骤然尖锐。
9月16日（八月初一），光绪即赐密诏给杨锐：“即如（七）十九日之朱谕（指罢免礼部六堂官之谕），皇太后已以为过重，故不得不徐留之，此近来之实在为难之情形也。……朕位且不能保，何况其他？今朕问汝：可有何良策，使旧法可以渐变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进通达英勇之人令其议政，使中国转危为安，化弱为强，而又不致有拂圣意。尔等与林旭、谭嗣同、刘光第及诸同志妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递。侯朕熟思审处，再行办理，朕实不胜紧急翘盼之至。”光绪帝已预感到“朕位不能保”。老成持重的杨锐鉴于康有为的负面作用越来越大，就向皇上直接建议“康不得去，祸不得息也。”⑾
次日（八月初二），经过深思熟虑，光绪帝采纳这一建议，特别下了一道明诏：
工部主事康有为前命其督办官报局，此时闻尚未出京，实堪诧异！朕深念时艰，思得通达时务之人，与商治法，闻康有为素日讲求，是以召见一次。令其督办官报，诚以报馆为开民智之本，职任不为不重，现在筹有的款，着康有为迅速前往上海开办，毋得迁延观望！
按照清朝惯例，没有重大急迫的政事不明降谕旨，一般事务都是军机大臣传旨。这道明诏，表面上是严令康有为“迅速前往上海”，实质上是光绪向慈禧交底：“闻康有为素日讲求，是以召见一次。”言外之意，是说自己与康有为并无深交。由此推测，康党屡次建议开“懋勤殿”，已经让慈禧感到其醉翁之意不在酒，而在于让光绪自建顾问班底抢班夺权；康党更进一步，又把伊藤博文和李提摩太引进北京担任顾问大臣，以洋人势力相威慑，更让慈禧暴跳如雷。因此，初二这一天，她一方面要拿康有为开刀（光绪做出让步，发布明诏，既催促他早日离京，做出姿态给太后等顽固派看，说明光绪是个有谋略之君）；另一方面，决定从次日（八月初三）开始，从光绪手里收回变法等重大问题事权，只给光绪留下一般政务的处置权。