北大学子、教授许德珩在《北京大学校史?序》中指出：“京师大学堂本身就是戊戌变法运动的产物，是维新派克服了顽固守旧势力的重重阻挠和反对才创立起来的。”这一论断，是非常切合实际的。
创建京师大学堂的动议，好多人曾提了好多年；在戊戌变法前两年，光绪帝就专门下谕，要求孙家鼐筹办。但是，由于恭亲王奕訢和军机大臣刚毅等大臣们以经费困难等为借口主张“缓办”，使筹办工作搁浅。1898年6月11日，光绪帝颁布《明定国是诏》，正式宣布变法，并将创建京师大学堂写进了诏书。于是，京师大学堂作为“天字第一号”工程正式上马。据统计，在103天的变法时段内，光绪皇帝“令如流水”“书朝上而电夕下”，连续颁布230多道除旧布新的上谕，事关京师大学堂的竟有15道之多，而且大都是当天奏报，当天拍板。可见光绪对创建京师大学堂的重视程度。
9月21日，慈禧太后收回了赋予光绪的所有事权，戊戌变法因此夭折。慈禧太后“罢新法，悉复旧制”，刚毅、徐桐等人坚决要求取缔尚未开办的京师大学堂，但是，12月31日，京师大学堂却正式开学。在“北京尘天粪地之中，所留一线光明，独有大学堂一举而已”。奥秘何在？经过考证，我在《京师大学堂幸存之谜新解》一文中大胆推测，这是由于孙家鼐出于巩固维新成果、推进民族进步的思考，甘冒血风腥雨，不顾身家性命，动员丁韪良出面，以“外洋各教习均已延订，势难中止”“所以不能径废”⒀“查禁大学堂，将会在外国人面前丢面子”等理由，游说开明政客荣禄，荣禄进而说服慈禧，她才网开一面，使京师大学堂大难不死。
京师大学堂的幸存，意义重大。罗筠筠在《教育改革乃强国之本》中指出：“由于他（孙家鼐）在政界与学术界的威望，他一手筹办了中国第一所综合性的大学，这在中国文化史和教育史上有不可磨灭的贡献。”⒁