思想自由、百家争鸣，是中华文明领先世界、灿烂辉煌的基石。但是，自西汉以来，董仲舒提出的“罢黜百家，独尊儒术”主张，被历朝统治者所采纳，学生们学的大多是汉代以前的《四书五经》，陈芝麻烂谷子，“诸生往往皓首而不能穷”（孙家鼐语），学用脱节，消磨了多少代人的大好年华？此后，中华文明步入了一条“死胡同”，思想被禁锢，智慧被压抑，就像一个长期吃偏食的孩子，越来越发育不良，智商和综合素质大受影响。第一次鸦片战争以后，中国屡战屡败，丧权辱国，病根就在于此。
戊戌变法期间，康梁派出于私欲，利用所把持的编译局编写教材的机会，任意篡改经典、排除异己学说，产生了恶劣的社会影响。针对这一问题，孙家鼐在《奏覆筹办大学堂情形折》中予以严厉批评：“若以一人之私见，任意删节割裂经文，士论必多不服。”他还以史为鉴，对这种“学霸”作风予以痛斥：“昔宋王安石变法，创立三经新义，颁行学官，卒以祸。宋南渡后旋即废斥，至今学者犹垢病其书，可为殷鉴。”在此基础上，他提出了“盖学问乃天下万世之公理，必不可以一家之学而范围天下”的教育思想。或许可以这么理解，1916年12月，蔡元培担任北大校长所倡导的“思想自由，兼容并包”的办学方针，正是对孙家鼐“学问不可以一家之学而范围天下”教育思想的直接传承和发扬光大。
为了做到学以致用、专才专用，孙家鼐还建议朝廷采取长效机制，使“学政治者归吏部，学商务、矿务者归户部，学法律者归刑部，学兵制者归兵部及水陆军营，学制造者归工部及各制造局，学语言、文字、公法者归总署及使馆参随，终身迁移不出本衙门”。这些思想，至今也未过时啊。