作为一名朝廷重臣和改革家，孙家鼐却不像晚年的李鸿章那样投机取巧，甘当奴才，像哈巴狗似的刻意看“主子”眼色行事，以粉饰太平、明哲保身为已任；也不像翁同龢那样，得意忘形，“喜怒见行于词色，渐露揽权狂悖情况”；更不像王文韶那样，饱食终日，无所用心，八面玲珑，做一个圆滑的“玻璃球”。他所信奉的政治哲学是“臣观今之中国，虽云削弱，而地大物博，确然可以振兴。惟是为政之道，不在徒托空言，而在力行实政。果能刑政修明，外侮亦将心慑。”
戊戌变法进行了两个月，光绪帝突然发现，自己的上谕“出不了中南海”，即使发布出去，也是废纸一张，各地总督、巡抚等并不认真落实。光绪帝异常震怒，1898年8月26日，他严旨切责两江总督刘坤一、两广总督谭钟麟：“倘再籍词宕延，必定予以严惩。”⒄次日，又严厉要求各地督抚凡交查各件，皆须迅速具奏。政令不行，让身在局中的梁启超感慨万千：“自四月以来，明诏累下，举行新政，责成督抚，而除湖南巡抚陈宝箴外，寡有能奉行诏书者。”⒅
相比之下，倒是师傅孙家鼐不顾年高体衰、百事缠身，积极践行维新举措。在认真履行管学大臣职责的同时，他还积极投身于振兴民族工商业的实践中。6月20日和7月12日，光绪皇帝分别颁布“发展农工商”和“奖励发明”新举措，要“提挈工商”，鼓励民族工商业的发展。不久，孙家鼐就与安阳巨绅马吉森等集资150万银元，创建了安阳广益纱厂。1903年开机生产，时有纱锭2.5万枚，工人2000余人，是中国近代纺织工业创业最早、规模最大的厂家之一。
1898年，在孙家鼐的支持、参与下，其侄孙孙多鑫、孙多森领衔在上海创办国内第一家机制面粉厂“阜丰面粉公司”，股金为30万两白银。1900年建成投产，后来，规模不断扩大，生产能力曾位居远东第一，其经济实力比荣氏家族的面粉企业还要大。