1898年12月31日（光绪二十四年十一月十九日），北京城内，景山脚下，马神庙中，没有鼓乐齐鸣，没有红毯铺地，也没有贵宾致辞、“领导”剪彩、代表发言……管学大臣孙家鼐默默地率领中西教习和160名仕学生、中学生和小学生，对着万世师表孔子的灵位顶礼膜拜。当时既无摄影，更无录相，开学典礼的情形，早已尘归尘，土归土，烟消云散。幸运的是，报纸的记载还能找到，凭借白纸黑字，后人似乎还能若隐若现地看见当年京师大学堂开学时的情景。1899年2月6日，位于上海的英文报纸《北华捷报》作了如下报道：
京师大学堂于两星期前举行了隆重的开学仪式。除了该校的西教习之外，没有其他外国人参加这个开学仪式。
京师的传教士们，或至少是其中的一部分人，对此表示相当愤慨，因为西教习们在开学典礼上对着孔子的灵位脱帽和鞠躬敬礼。他们认为此举表示西教习们跟他们的中国同事们一样崇拜孔子。有人说，尽管西教习们的本意并非崇拜，但本地的中国人却肯定会这样理解。
然而，在中国居住时间更长的人就不会这样想。虽然中国人可能会真的报道说西教习们对孔子的灵位顶礼膜拜，但就连他们自己也不会相信这样的话，更别提其他人了。西教习们曾被告知，在这件事上他们可以按照自己的意愿办。但在开学典礼前举行的教员会议上，他们一致表达了在经过孔子灵位时要脱帽致敬的意愿。中教习中的基督徒也被管学大臣孙家鼐免除了下跪磕头的礼仪，因为后者说他不想强迫他们在这件事上违背自己的良心。孙大人虽然是个保守派，但却通情达理，具有十足的绅士风度。⑴
考虑到交通和通讯的落后，信息传递速度缓慢，报刊也很稀少，《北华捷报》又是周刊，所以，这条消息在当时还是很具新闻性的。可惜的是，该报并未详细记载京师大学堂具体的开学时间，以至于后来连学术大师、考据权威、北大校长胡适都搞不清楚“北大生日”，以至于北京大学的校庆活动，先是在每年的12月17日，后来又改在每年的5月4日……1998年，才有专家根据当年的上海中文报纸《申报》，得出了1898年12月31日是京师大学堂生日的科学结论，总算把这个百年谜团彻底破解。