夏商周断代工程成果学术报告会结束后，“工程”办公室对有关会议的发言资料做了全面的收集和整理，除大会和分组讨论会上七十余名学者的发言外，还收集、整理了学者们于会后提交的近四十份书面意见。
1999年10月18日，“工程”召开了专家组组长会议，对收集到的意见作了归类和讨论，并提出了相应的处理方案。如对一些考古问题、商后期日月食的推算问题、金文历谱的排序问题，专家组认为，应尽可能参考并吸取正确内容以改进“工程”成果。对涉及不同学科存在的学术观点分歧，有的难以在短时间内形成统一的意见。如关于夏文化的分歧，对郑州商城、偃师商城等遗址历史名称的分歧，以及西周金文月相的分歧等。这些方面应采取兼听的态度，尽可能了解各方面的看法，但在报告中只能根据“工程”的研究成果采取一种意见。而对少数专家所提出的对“工程”采取的途径路线和方法等不够理解的意见，可以认为是这些专家未亲自参加“工程”，加之对“工程”宣传及说明做得不够到位造成的。同时《简稿》限于篇幅，只能以结论为主，对于其他不可能作详细的说明，修订后的《简稿》应在这方面尽可能地加以改进。
就以上归纳和研究的方案，“工程”首席科学家采取了如下具体的改进措施：1.进一步加强常规14C和甲骨测年工作，具体落实所补充的测试内容，并根据进展情况作进一步研究。2.对西周王年所依据的七个支点的论证，进一步组织讨论，切磋研究主要分歧。3.进一步加强对若干考古遗址的发掘和研究。4.在认真梳理、研究“报告会”中学者们的意见的同时，组织更强大的班子，对《简稿》进行全面修改，以达到尽可能完善的目标。
邓楠在观看夏商周断代工程成果展览（作者摄）