光绪十五年，光绪帝亲政，慈禧仍不交实权，李鸿章虽看在眼里，也只能默不作声的忠心于慈禧的领导，虽然李鸿章对此也不是很高兴，但是晚年的李鸿章，所有的精力全部在外事上面，至于皇室，对他来说，其实谁是皇帝都已不重要了，只要不妨碍他的政治报复与策略实施就可以了。此时，李鸿章已对英、日等国家的立行的“君主立宪制”有许多了解，虽然名义上，君为君，臣为臣，但晚清实际的现状，与君主立宪制无异，李鸿章也俨然具备了“首相”的话语权与军权。
光绪十六年，曾纪泽病逝于家中，此前曾纪泽回国，观见皇太后时，曾纪泽还未到海军衙门，就已被掌握李鸿章找了一些接口“逐出”了海军衙门。随后，曾纪泽在总理衙门刚刚处理公务，还没来得及为国家献言献策，第二年，就不知道什么原因，奉命调补户部右侍郎兼管钱法堂事务，翌年夏，又调管库大臣。光绪十四年春，奉调管同文馆事务，最后曾纪泽困死于同文馆。曾纪泽临死之时，思考自己回国后，不断调换衙门，越调越次要，权力也越小，最后郁郁不得志，皆是李鸿章所为。
临死之际，曾纪泽大骂李鸿章：“李鸿章这厮忘恩负义，我半生仕途毁于此人，尚不可惜。可惜大清江山毁于此人之手！”
光绪十九年夏，日本联合舰队不宣而战，在丰岛海域突然袭击北洋护航舰队，双方发生猛烈激战，甲午战争爆发。同年，黄海海战，北洋舰队不敌日本联合舰队，损失了五艘军舰。邓世昌下定决心与舰共存亡，就把爱犬的头按入水中，与全舰二百五十余名官兵一同壮烈殉国，时年四十五岁。
清廷对北洋水师未能克敌而再遭损创甚为巨怒，上上下下的官员都在指责丁汝昌，李鸿章哀求道：“此事乃是日军不宣而战，偷袭所致，不该让丁提督一人担责！”