1.废帝风波
修建三海本是光绪帝和醇亲王为慈禧准备的五十岁寿礼，花费了巨额银两，慈禧却没有在三海中的任何一处住过，反倒南海瀛台最后成了光绪帝的 “监狱”。
瀛台四面环水，北面有一木桥与陆地相连，其中心建筑为涵元殿，虽比不上紫禁城，但也富丽堂皇，恢宏大气。光绪帝在戊戌政变那天恰好住在瀛台的涵元殿，被软禁后，光绪帝的活动仅限于该地，从此瀛台成为囚禁他的一座 “水牢”，使他变成一个不戴枷锁的 “囚徒”。
皇帝突然被囚，慈禧总得给天下人一个交代。要杀要留，都得有充分的令人信服的理由。她找了很多证据，包括从光绪帝寝宫和养心殿搜查到的资料，她要让光绪帝心服口服。政变第二天，即光绪二十四年（1898）八月初七，慈禧赶至南海勤政殿召见光绪帝，对他进行突击审讯。这次审讯是逼迫光绪帝表态，承认康有为等人为乱臣贼子，并下旨捉拿。光绪帝心如刀绞，却又无可奈何。康有为、谭嗣同等人是他一手提拔起来的维新志士，此番要他论罪后再亲自下旨捉拿，他如何能做到！但是，面对咄咄逼人的慈禧太后以及强大的后党集团，他没有选择的余地。张荫桓口述而成的 《驿舍探幽录》记载：“呈与皇上，皇上转呈太后阅毕，仍递交皇上。皇上持此旨目视军机诸臣子，踌躇久之，始发下。”
慈禧将光绪帝囚禁起来后，要杀掉或废掉光绪帝可以说易如反掌，但她心存隐忧，不敢草率从事。政变后南方各省民众的情绪极不稳定，随时可能发起示威反抗活动甚至暴动；而且欧洲国家对光绪帝的改革持同情态度，列强很有可能以此为借口再派大兵压境。国内外的形势使慈禧意识到自己必须小心谨慎才不至于惹祸上身。八月初，整个京城流言四起，称光绪帝活不过这一年。对光绪帝是杀是留，慈禧纠结了很久。